②③については、プロット上で精査するのが、一般的かと。
①については、プロット時点で「キャラクターに言動を要求しない」ようにするのが一応の解決策になります。
例えば、プロットで「キャラクターAが泣く」とか「キャラクターBが戦いを挑む」などとキャラクターの言動や感情にまで言及すると、そのキャラクターがそうなれないときに矛盾が発生します。
代わって「キャラクターAが泣くような状況に置かれる」と書いておくと、キャラクターに要求は投げられていないので、矛盾は起きにくくなります。
まあ、代わりに特定の状況を考えるコストがかかるようになりますが。一応、解決はできます。