基本的には何も問題ありません。
宗教的にも、その宗教を侮辱するようでなければ、基本的に何を書いても問題ありません。
例えばイスラムの場合は偶像崇拝が禁止されてるので、創作に登場させること自体が侮辱に当たります。それ以外の宗教では、気にするほどの事ではないでしょう。
確かかなり前にキリスト教のどっかが牧師は銃を持たないと日本のアニメにキレたことがあるけど、キリスト教がそういう主張をしただけで問題になったわけではありません。
一方で、物語の悪役がコーラン読んでるというだけでイスラム教から大クレームがついて騒ぎになったこともある。
こういう宗教的な面での事は、相手を侮辱しないように作者各々が配慮するしかない。
なので、こう言っちゃなんだけど、誰かに聞くよりも自分で対象の知識を身につけたほうが良いでしょう。創作の資料にもなるんだし。
とはいえ。神道は基本的になんでもアリなので、まったく問題ないと思われます。
実在する神社が舞台で宮司が呪い殺されて祭殿が破壊されたって、笑って済まされる寛容っぷりですから。
実は母方の実家がド田舎の神主やってるのだけど、自慢げに「ウチが漫画に出たぜ！」と言われて読んでみたらホラー物だった。ありもしない御神体が用意されてて聞いたこともない伝説がついてて、しかも実話だと書いてあったよ。
罰当たりにも、叔父さんは祭殿で漫画と同じポーズで倒れて記念写真とってた。

また、宗教的にではなく読者的にという観点から言うと、史実や伝説に設定を追加して独自解釈するのはアリだけど、「解釈」ではなく全く別物にしてしまったりするとアウトになったりします。
何故かっていうと、これって作者が知識不足で間違ってるだけ（あるいはそう見えてしまう）なので、「ミス」に映るわけですね。
例えば……他所様の設定を晒すのは失礼だと思うんだけど、神道云々と聞いて、昔どこかでチラッと見たのをフト思い出したので。
とある設定の殴り書きに「神社の「社」は「杜」であり神聖なものなのだ」という設定があったんですが、これって字が似てるだけで由来も意味もまったく別の漢字なので、そういう解釈はできません。神聖な土地を「杜」と書く事もあるにはあるんですが、字が似てるために誤字から始まったものだったりします。
こういうのは要するに作者のミスにあたる設定になってしまうわけですね。
古代の神様は宇宙人だったとか、イザナミはアマテラスを産んでなかったとか、そういう解釈でどうとでも出来ることなら問題ないけど、カグツチは水の神様である、なんて書いてあるとコレはダメでしょう？
アマテラスは太陽の神だから暗所恐怖症とか、これも考えられないことはないけどおかしいよね。

なんでそんなことを書いたのかと言うと、
＞要は、八百万の神様とアミニズムを融合させて独自の設定を付加した結果
「独自の設定」は問題ないんだけど、「八百万の神様」ってのは万物に神が宿ってるって考えなわけで、これを指して「アニミズム」と言うので、「八百万の神とアニミズム」ってのは融合もなにも両方ともほぼ同じものです。
こうした部分で上記した「杜」の例のような「読者的に」のほうで何かミスがありそうだ、と感じます。