時代小説ではなく、ファンタジー時代劇ではなくて？

　厳密な考証を要する時代小説では無理ですが、先述のカテゴライズを採ると、まぁなんと素敵に全てが問題無しとなります。それこそ銀魂のごとく。
　わりと真面目です。時代小説読みとしましては、歴史小説時代小説に間違いがあると問題ですが、そもそも時代劇とかファンタジー要素が入る物だとそれはそういう読み物であって、現実との違い・そういう世界であることをちゃんと解説できていれば特に問題ないものです。

　これが公募の送るとしますと、特に神様に限りませんが名称に頼りきった作品になっていないかが問題となります。それほど神様の名前とかそれを利用した設定というのは簡単であり、かつ意図せず手抜きの説明や運用をしてしまうものです。
　言い換えれば、ちゃんと作品の骨格にまで落とし込めているか、です。

　ネット上での公開としても、この点がクリアできていない作品ほど非難される傾向です。逆に神様ではありませんが元ネタを消化しきったといえば進撃の巨人です。こちらは元ネタからみで賞賛はあっても非難されることはありません。

　アマテラスオオミカミを犬として描いて一部の厳密な神道信者の方が制作会社にクレーム付けた事件も実際にありますので心配を覚えるかもしれませんが、概ね侮辱的な扱いをしなければ問題ありません。

　基本的に神道は神たる存在を畏れ敬うものです。この点さえ外さなければよろしいでしょう。あと、神仏習合があるのであればその点も丁寧に説明するとなおよろしいでしょう。(伝統的神道の派閥の中には仏教系神仏があることや神子と巫女の区別でつっこまれる方もおります)