スレッドの意向自体を真っ向から否定することになりますが、そもそもダブル主人公自体をやめた方がいいです。

プロローグが二つあることについては「片方が空気化するのを防止する心がけはある」と一応評価できますが、それでも素人が両方を公平に描写するのは簡単なことではないです。
自分語りになりますが、私は四人主人公の群像劇を書いたことがあります。
内訳は男子一人女子三人で、男子が全体の主人公のつもりで書いていましたが、実際に書き始めると彼が主人公だったのは最初の一話だけで、残りは女子三人が主人公の話になりました。
しかも女子三人でも出番の偏りが激しく、結局後半からは描写を一人に絞り、他二人を諦めるという暴挙に走ったというありさまでした。
（人数が多いのである意味当然かもしれませんが）

この例は極端すぎると思いますが、二人以上の主人公を同時に制御するのは容易ではないというのは簡単にわかると思います。
あなたがそれを覚悟した上で書くならそれで構わないのですが、私はオススメしません。

で、自分語りはほどほどにしてスレッドの内容にも触れるのですが。

＞＞同時に『主人公の内面を地の文で描きたい』部分があります。

これは一人称で書きたいとみていいでしょうか？　あるいは三人称一元でしょうか？
私は少なくとも一人称でダブル主人公をやるのは絶対やめた方がいいと思います。
理由は「視点移動を使いざるを得ないダブル主人公は一人称の利点を殺す形式」だからです。
一人称は最後まで一人の主人公に集中するからその利点が生きるのであって、ダブル主人公の面倒を公平に見るのには絶対向いていません。
どうしてもダブル主人公を描きたいなら、せめて三人称でやった方がいいです。