＞①プロローグが二つある。
「プロローグ」というか、前フリが数シーンあるものならままあるものじゃないかなと思う。
パッと思い浮かんだのは成田良悟のバッカーノで、最初に「置き引きにあった旅行者」の話題があって、一気に話が飛んで「得体のしれない何者かの独り言」があって、って感じじゃなかったかな。あれ逆だったかな。
バッカーノは、まず一巻の全体として「旅行者に昔話をした」という体になる枠物語なので、「置き引きにあった旅行者」で始まり「旅行者の盗品が返ってきた」で終わる。
で、その「昔話」のほうが本題というか本編なので、当然のこと本編にもプロローグ的な前フリはある。
特にバッカーノは複数の物語を扱う群像劇なので、結果、物語の前フリのシーンが２個かそれ以上の複数個ある、という形になっていると思う。

ただ、スレ主さんのアイディアは「主人公・主人公の別人格」がキーになっているようで、ここに物理的な隔たりはないので、逆に「無理に分けて考える」ことがわかりにくくなるのではないかな、と思う。
例えば、これくらいは思いついてるだろうけども「僕」と「俺」で人称を変えてしまえば、それだけで視点を変えずとも良いと思う。
「俺」の夢（俺視点のプロローグ）を見た「僕」の心情のプロローグとか。こうすると分ける必要はない気がする。
でも、「別人と思わせといて同一人物の別人格だった」というネタなら、たしかに別物として分けて考えたほうが良いだろうと思う。

＞②戦闘シーンなどで視点が何度も変更される。
これも、分けて考えてるから視点変更を考えてしまうんだと思うけど、別人ではなく別人格なんだから、地の文で「僕」という自称が「俺」に変われば、それが「人格が入れ替わった」という表現になるんだから、「視点」を変える必要はないと思う。
例えば、「僕は彼の態度に好感を持った。実に気持ちが悪い。反吐が出る。俺の目にはヤツの善行の尽くがエゴにしか見えなかった。」と相反することを書いた矛盾した文章のようになっても、それがかえって味で面白くなるよね、と思います。

あくまで変わるのは人格であって、たしかに「ものの見方」という意味では視点も変わると思うけど、映像的なイメージで考えると人格が変わったところで何も変化はないですよね。
なら、視点を変更する必要はないのではないかなと思う。
地の文の中で「僕」が「俺」に変わる「俺」が「僕」に変わる、それが頻発したところで、読者としても、最初は混乱するかもしれないけど慣れちゃえば「僕」も「俺」も同一人物で変化はないとわかると思うので、「僕・俺」の一人称という形になるのでは。