ああ、なるほど。その場合は、キャラの関係性をできるだけ分かりやすくする方がいいですね。

私が気になったのは、別のキャラクターと思わせておいて実は主人公の別人格だったというようなサプライズ（叙述トリック型）を狙っているのかどうか？　その１点でした。
返信を読ませていただいて、そういう狙いはなく、転生先と前世の価値観や知識の違いによって主人公が悩んだり、キャラの関係性にすれ違いが生じたりする話なのかなと思いました。
そうであれば極力わかりやすくするべきかと。
そして分かりやすさ優先なら、プロローグが二つ、ダブル主人公、視点の変更。これらはすべて一概にだめとまでは言いませんが、あまり望ましくはないかもしれません。

と言うと、

＞企画の中心に『ガンダム転生』と『ダブル主人公』があり、双方譲れないのですが

という基本構想の否定になりかねないですが。
しかし繰り返しになりますが要点は、複数の要素が複雑にからむ構想だからこそ、しっかりした軸を１本設定する必要があるんじゃないかということです。
ダブル主人公にしても言ってしまえば「主人公」という言葉の定義の問題で、主人公級の重要キャラが二人いようと四人いようと、構成的にはそのうち誰か一人を主軸にしてストーリーを作るということです。なので「主人公」というより「視点人物」と考えた方がいいです。
そう考えるとプロローグも視点人物用の一つがあればよく、別人格用のプロローグに相当するものはストーリーの途中のどこかに盛り込むことも普通に可能では？

視点移動。
これは、一つの出来事を複数の視点から描くとまったく違う認識になるという面白さを狙う場合以外は、やはり安易にはやらない方がいいと考えています。
またバトル・シーンなど複数キャラがからむ動きのあるシーンでは「神視点」でなければ書きにくいこともあるかもしれませんね。だからやはり、他の方も指摘されていましたが、一人称にするのか三人称にするのかは重要かなと。一人称の視点移動は明確な狙いのもとに、移動箇所を極力わかりやすくし、できたら章単位くらいに止めて頻繁にはやらないというのが、まあ最低限のセオリーじゃないかと。
最初から三人称一視点にしておけば、必要に応じて神視点にシフトすることが比較的容易です。

まとめると、キャラ設定に複雑な要素があるとしても「叙述トリック」的な狙いがないのなら、考え方としては普通のストーリーの作り方の応用でいいんじゃないかと。
主人公級のキャラが四人いても、視点人物は基本的に一人。その中に１キャラの別人格がまざっているとしても、単に視点人物一人を含む重要キャラが四人いると考えて普通に関係性を構築すればいいのではないかと。
プロローグにしても、プロローグが二つではなくてキャラの背景が二つということですよね？　それなら、どこに配置するかは柔軟に考えることができるんじゃないかと思います。