もう長らくワードは使ってないので現在どうなってるかはわかりませんが、それはおそらく仕様です。
あまり長いルビを振ると一文字のスペースに収まらず前後の文字のスペースにまでルビが振られることになる。それだと極端な話どの文字にルビが振られてるのかわからなくなるし、例えば「机踵」と字が並んでる状態で両方にルビを振る場合、両方とも三文字のルビで一字のスペースには収まらないので「つくえ」の「え」と「きびす」の「き」が重なってしまいます。
なので、ルビに指定した文字の上下の文字間隔が少し開くようになってます。
公募用の作品でも別にそれで何の問題もありませんし、普通にプロの作品でもそうなってるハズです。

どーしても気になる、という場合は、「踵を返した」という文の中の「踵を」の二字を指定して「きびす」とルビを振れば、二字のスペースに三文字のルビになるので文字間隔が開くことはないでしょう。