一応このサイトの「第２研究室」-「新人賞の応募要項Ｑ＆Ａ」-「応募方法について」にルビについての記載があるので目を通されるとよいかもしれません。（あくまで参考例と書かれています）

（引用１）
　このページに載っている情報は、あくまで一つの参考例です。
　細かい規定は賞ごとに違いますので、必ず自分の応募する新人賞の応募要項をよく調べてから原稿を送ってください。
　不明な点や疑問点がありましたら、直接、応募先新人賞に問い合わせて確認しましょう。
（引用１、終わり）

ttps://www.raitonoveru.jp/howto/h/s.html

｛引用２）
Ｑ２
・ルビは振らないといけないんですか。

Ａ
・基本入れなくてOKです。
　漢字のキャラクター名や読むのが難しい固有名詞について、章ごとにルビを入れると、選考時に助かるようです。

・ルビは後ろに（）で入れるのが良いようです。
　特にテキストデータを必要とするところだと、振りすぎると読めませんから。
（引用２、終わり）

ttps://www.raitonoveru.jp/howto2/sinn/02.html

なお真偽のほどは不明ですが、選考者によってはルビの振りすぎを快く思わない人が居るとか居ないとか。
理由はルビの多すぎる原稿は読みにくいのと、自分は文章のプロだというプライドがあるので「へっ、この程度の漢字が俺様に読めないと思っていやがるのか？」と感じる人も（中には）居るのだとか。

まあ、そんなことと関係あるのかどうか知りませんが、同じ漢字のルビは初出のみという業界の慣習みたいなのがあったりもするらしいです。

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で、Wordのルビについて。すみません、こっちが本題ですね。

Wordのルビ機能は、ルビの長さがルビを振る文字列の幅からはみだす場合は前後に空白を作る仕様になっているようです。
これはある意味当然のことで、ルビが対象の文字をはみだすと、ヘタするとどこからどこまでにかかるルビなのか分からなくなるケースが有り得るからなのでしょう。

ただ、Wordではルビの文字サイズを指定できるので、３文字程度なら普通は何とか収まるのではないでしょうか？
本文の文字サイズや書式設定、ルビの文字数などによっては不自然な感じになってしまうケースがあるのかもしれませんが、それはWordの仕様として諦めるしかないと思います。

一部のラノベのように凝ったルビを振りまくるような文体を体裁まで完璧に実現するのは、ワープロソフト程度では無理と考えた方がいいです。そういうことは正式な出版が決まってから、作者と編集者が相談しながらやることなのだと思いますよ。印刷会社は注文があればワープロでは到底できないような無理なレイアウトもやってくれますから。