＞私は別サイトでこっそりと小説を書いています。

こっそりと言わずに堂々と書いてください（笑

で、ご相談の件ですが。
弱点以前の問題として、善人で天才というのは抽象的すぎて、どういうキャラなのかよく分かりません。
後半ではいくつか具体的な特徴が書かれてはいるのですが、依然としてイメージが浮かびにくい感じがするんですね。弱点を付加することに気を取られすぎて、性格の芯の部分を十分に考えていないからではないかと。
なので、弱点よりもまず「個性」を与える方がいいです。

そもそもその主人公は、何の天才なのでしょうか？

＞天才なので覚えは早い。

覚えが早いというのは単に「記憶力のよい人」というだけで、天才という感じはしません。
頭が良くそつがない人間を秀才と言います。しかし、そつがないというのは物語の登場人物としては面白くないんですね。まんべんなく優れているのも、逆に言うと突出した部分がないということです。
天才というのは全体としてはバランスが悪く、むらがあり、しかし何か一つのことに関しては強烈な能力があるという感じなんじゃないかと。

それと。
記憶力や頭のよさよりも、好奇心の強さが重要かなと、わりと思います。
何か好きなことがあって、それのことになると周囲がハラハラするほどのめりこむというような部分を作ると、弱点にもなりますよね？
無分別に暴走して罠に飛び込んでしまうような危うさを持つ反面、強烈な強さと突破力も発揮する。
そんな方向で考えてみるといいような気がします。