ストーリーと演出は別物として、分けて考えた方がいいかもしれませんよ。

＞登場人物達の内面＞文化背景＞世界設定という塩梅でストーリーに沿わせて物語を書いている

これはストーリー。

＞商業作品と比べたら華がない

こちらは演出の問題かと。

例えば主人公の無二の親友と序盤で仲たがいし、その親友がクライマックスの重要な局面で再び味方になって主人公のピンチを救うという流れを構想したとします。
この場合、まずは二人の心理的な行き違いなどをよく考える必要があります。仲たがいした理由としては、情報不足による誤解ということにしてもいいし、もっと根本的な価値観の違いにからめる手もあるでしょう。
いずれにしても、なぜ一度ケンカし、どういう経緯を経て和解したのかを、読者が納得できるようにしっかり考える必要がありますよね？

これが、ストーリーを作るということ。

一方、終盤のどのタイミングで親友を登場させると最も効果的か？
そういうことを考えるのが、演出です。

アマチュアで上手い人の中には、ストーリーは緻密に作るのだけれど演出感覚が乏しい人と、演出は上手いのだけれどストーリー性に欠ける人がいるようです。前者は「華がない」という感じになりがち。後者は魅力的なシーンの連続ではじめは惹きつけられますが、読んでいくうちにご都合主義が目立って白けてしまいます。

ご相談の文面を拝見するかぎりでは、こうなごさんはどちらかと言うと前者のタイプなのかなと思いました。
ストーリーをキッチリ作ったのなら、基本、そこは変える必要はないと思うんですね。骨組みはそのままで、ただ見せ方を工夫すればいいのではないかと。
上記の例のように、重要なところで重要な人物が登場するタイミングをちょっと変えてみたり、場合によっては多少あざといくらいにカッコつけたセリフを言わせてみたり（これは、やりすぎると台無しですが）。

それから文章的なこと。
読者にしっかりと印象付けた方がいいというシーンをさらっと書きすぎて、「これじゃヘタすると読み飛ばされてしまうな」と思うような文章をわりと見かけますよ。人によっては重要なシーンほど書き急いでしまうのか、改行さえしないわずか１行ですませてしまい、結果的に前後の文章に埋没してしまっていることもあります。
そういうところは一つ二つ改行をふやすだけでも、けっこう効果的だったりします。
もう少し踏み込むなら、重要なシーンでは文章のリズムを意識的に変えてやる感覚ですね。ちょっとタメを作るみたいなことを意識するといいかもしれません。