察するに、貴方は似た作品を探すべきではないです。もし、あなたのイメージにぴったり合致する作品が見つかれば、貴方は必ず影響されます。特に貴方が気に入った部分は、貴方が好きである程に、違ったシーンに書き換えなければならないと思うようになるでしょう。面白いと感じた部分を、面白く無いように書き換えなければならないのですから、誰も幸せにするとは思えません。
（ところで、あらすじを聞く限りガンダムＸが近い気がします……）

貴方が見つけるべきは真の敵です。それは主人公の心の弱さかもしれないし、世界が患っている根本的な問題かもしれません。
例えば、アドルフ・ヒトラーが敵役の作品を思い浮かべて下さい。その全員が、ヒトラーを殺す事は無いでしょう。しかし、多くの作品で彼は黒幕を演じています。ヒトラーを名乗って居なくても、明らかに彼がモチーフになっている創作もあります。

ところで、封印されていた魔法技術を解き放った軍上層部には罪があるでしょうか。ガンダムのアナベル・ガトーが核バズーカを放ったシーンは有名ですが……ところで、その時使われたMk.82弾頭ですが、連邦が一年戦争時に極秘で作っていた物で、当時問題になっていれば条約違反になっていたでしょう。彼らは黒幕になりえるでしょうか？
彼らは極限の攻撃力を求めてそれを開発しました。それは、敵がひどいことをしてきた時の報復用であったそうです。ジオンがした事を考えれば正義があるとは言わないまでも、納得できる気がします。

貴方が書きたいのはどのような物語でしょうか。しっかりと物語を描きたいなら真の敵を書かなければいけません。
もし貴方の物語が「世界を破滅させる程の力の存在は悪である」事を前提にしているのなら、真の敵には真逆の正義を与えなければなりません。「巨大な力を持つものには誰も刃向かわない。私が世界を破滅させる程の力を得れば世界は平和になる」
つまり、主人公と同じ目的で過去の秘密を探っているけれど、やり方が暴力的な敵キャラクターを創造するなどのやり方もあるかもしれません。

主人公の正義をしっかり書き、敵にも正義を同じ以上に主張させる。最終決戦は派手な物で無くて十分です。また、テーマによってはラストが派手である程に戦争の虚しさを如実にさせるでしょう。