他に、現在の状況を作り出した事件(戦争と、魔法の解放)が近い過去なら、実例はさておき、
1)死んだと思われていた黒幕が実は生きていた。
2)死んだのは事実だけれど、意思をAIに移植するなどの形で現在に干渉している(幻影として主人公たちの前に姿を現したりする)。
など、色々考えられるところかなと。
ただその場合、魔法文明が過去の社会や黒幕にとってどんな意味を持っていたのかによって扱いがかなり違ってくると思うんですね。
黒幕の行動動機は、単に野望だったのか、魔法なりその時の社会なりを悪しきものと認識し、それから人間を救うというような使命感を持った行動だったのか、など。
そこの構想が分からないと、回答が難しいかもしれません。
なので、過去と現在をどうリンクさせるのか、それをめぐって主人公や適役(過去と現在の)はどんな価値観を持って行動するのか。そういう問題だと思います。シンプルにそこを押さえて関係性を再整理してみれば、視界が開けてくるのではないでしょうか?