ドラゴンボールのフリーザが悟空と共闘しても、フルメタル・パニックで何回も殺したと思った敵が改心せずに復活してさらに病気で戦えなくても、私は気になりませんでした。
重要なのは読者がそのヴァンパイヤに好感を持てるかどうかだと思います。確かに人を殺すのはいけないことですが、ヴァンパイヤなりの美学があり、その美学に多少の理解の余地があれば読者としては改心しなくても良いと思えます。
例えば、ヴァンパイヤの両親が犯罪者により殺されたから、犯罪者を殺して自分みたいな境遇を増やさないようにしている、みたいなキャラだったら、私は別に改心しなくても良いと思います。
それと、殺される海賊の方に落ち度を作るのも良いかも、その海賊は子供に暴力を働いたとか、そういうのが有れば読者はその海賊が死んで欲しいと思うので、間接的にヴァンパイヤに共感できるかもしれません。
共闘後の再戦を避ける方法は、その本来倒すべき敵によりヴァンパイヤは負傷し戦えず「また会った時がお前の最後だ」みたいなセリフを言わせ、ライバルキャラにするのも良いかもしれません。
読者に消化不良感を与えない方法は考えれば幾つでもあると思うので、頑張ってください。