基本的にはあり。しかし、読者のための何らかの「道しるべ」は意識した方がいい。
端的に言えば、こんなところかと思います。

Ａの行動が多少意味不明であっても、理由が後で知らされるのであれば、意味不明そのものは問題ありません。むしろ、読者に興味を抱かせるためには謎を仕込むのが有力と言われるくらいですから。

ただまずいのは、物語そのものがどこへ向かっているのか、読者が見失ってしまうことなんですね。
読者にしてみれば、ある程度は理解しながら先へ先へと進みたいということは有るだろうと思います。
Ａは主人公なので、エンタメの場合、Ａの行動はストーリーそのものという形になります。そこが分かりにくいなと感じさせてしまうと、読者は読む意欲を失いかねません。

なので解決策としては、Ａの一つの行動は理解不能でも、最終目的がはっきりしていて、そこを目指してストーリーが進んでいるという大筋は崩さないことかと。
読者が大筋をしっかりつかんでいれば、Ａの一つの行動が多少それに矛盾してみえても「きっと、何か理由があるんだろう」と勝手に想像してくれるから大丈夫だと思います。
不安があるならば、適当にフラグを立てて補強してやります。
仰っているように、

＞「しかしBの表情の描写や思わせ振りなセリフから何かをしようとしていることが伺える(たとえばBの表情が喜びなら良いこと、悲しみなら悪いこと)というように」

これでいいんじゃないですか？　要は主人公はブレていないようだと読者を安心させてあげればいいだけなので、どうブレていないかまで具体的に説明する必要はありません。

そう考えると、ＯＫだけれど、いくつか前提はあるということかなと。

１）ストーリーの大筋はしっかりと読者に理解させている必要がある。

２）Ｂの表情などで補強する場合は、暗示的でもいいけれど大筋と一致することを意識する。

あと、Ａの行動の不可解さが比較的小さいか、わりとすぐに理由が明かされる場合は以上の処理でノープロブレムだと思いますが。
読者に大きな疑問を与えてしまい、それがストーリーのずっと先にならないと解明されないというようなことなら、それもやり方次第でまったく無しではないと思いますが、注意は必要かと。

エヴァンゲリオンは、あれほどの名作であっても謎が多すぎるのがマイナスになっているきらいが無きにしも非ずです。
あの作品はすでに評価が定まって絶大な支持を確保しているので、大きすぎる謎が逆に魅力になっているという幸福な事例です。
普通は通用しないと考えて、安易なマネはしない方がいいと個人的には愚考します。