そもそも、どんな狙いがあってわざわざ主人公に不可解な行動をとらせるのかが問題ですが。
普通は真意がわかった時のサプライズを狙っているということになると思いますが。そのへんはきっちり考えられているでしょうか？

ちなみに、アメリカのエンタメ作家はそういうところから読者に揺さぶりをかけるのを好む傾向があるみたいですね。国民性の違いか伏線やドンデン返しのテクニックが明らかに日本人より巧い感じなので、参考になるかもしれません。
主人公の言動にしても、あれっと思わせる技をけっこう多用する作者がいますよ。ちょっとした会話の中にも、もう少し大きなストーリー展開の中にも、隙あらばと入れてきます。

そういう場合、明かされた時の納得感が大切。そもそも「ああ、そういうことだったのか」という効果を読者に与えるために仕掛けることなので、ちゃんとした狙いもないのに用いるのは避けた方がいいとは思います。