s.s様、レスを頂きありがとうございます。

＞＞重要なのは読者がそのヴァンパイヤに好感を持てるかどうかだと思います。
＞＞例えば～～

犯罪を憎む経緯に関してはある程度考えています。
このヴァンパイアは父親が母親をレ〇プして生まれたという設定でして、病弱だった母親が子育てに耐えきれず病死したという経歴があったりしますね。
粛清のターゲットも明らかに重犯罪を犯している犯罪者ばかりです。今回の海賊達は強盗を理由にターゲットにされました。
ちなみに海賊団の方針はワンピースで例えたらアーロン一味が比較的近いです。（明確に悪事を働いているが、仲間を見捨てるような非情な組織ではない）

＞＞殺される海賊の方に落ち度を作るのも良いかも、その海賊は子供に暴力を働いたとか～～

主人公が海賊達の表面的なところしか見れていないという展開ですね。
プロットの都合上、主人公と彼らは付き合いが浅い内に別れないといけないから、描写として不自然な面はなさそうです。（一応倒すべき敵を倒すまでにタイムリミットがあるという設定なので）

＞＞共闘後の再戦を避ける方法は～～

例示された方法なのですが、主人公は犯罪者ではないのでそのような展開にはならないと思います（汗）
むしろ私のイメージではヴァンパイアの方から再戦を避けると思います。
粛清する必要はない、安い恨みで私闘を挑むのも面倒、だからと言って友達を殺されて怒っている相手と仲直りできるとも思えない、みたいな感じです。
あと主人公の気持ちとしても「追手が来る前に故郷に帰りたい」という気持ちが勝つと思うので、戦いは挑まないと思います。最終決戦だから主人公もかなり疲弊していると思いますし……

繰り返しになりますが、レスを頂きありがとうございます。