＞①複数作品を書く上で、主人公の性格をかぶらないようにするためにはどうしたらいいか。
ある程度はしょうがないものです。
例えばドラゴンボールの孫悟空とDr.スランプのアラレちゃんは基本的に性別からして違いますが、（子供の頃の悟空は）無知だったり好奇心旺盛だったり天真爛漫だったりと、その本質は割と似通っています。
複数の作品を多く書いてる作家さんの本を読み比べれば、その主人公像はある程度似たりよったりだったりする。
その中で、例えばドラえもんの「のび太」と同じ性格を想定したとして（あくまでキャラの性格のみ）、しかし設定で「両親を殺され復讐を誓っている」となると、これ「ドラえもんののび太」ではないですよね。
同じように、「すごい守銭奴でいつも痛い目にあってる」とでもすると、やはりコレも違うキャラになりますよね。
でも本質は「のび太」です。
つまり、ドラゴンボールの悟空とDr.スランプのアラレちゃんは設定が違うだけで、実は本質的には結構同じキャラ。

だから、意図的に大きくガラッとキャラクター性を変える必要はないです。
まずそこは安心してください。別に同じでもいいんだと。

＞また、それに伴い何かアドバイスなどありましたらお願いします
「同じでもいい」と書きましたが、むしろ、無理に大きく変えないほうが良いと思います。
例えば、「のび太」の例で「両親を殺され復讐を誓っている」というのを出しましたが、これに合う物語の雰囲気というのはどんなものだと思うでしょうか。
おそらく、結構暗いイメージの、サスペンスかミステリか、あるいはダークなバトルものか。
決してお気楽ハーレムな雰囲気じゃないですよね。
まあ、この例は物語の核になる部分に触れてるので少しずるい例えでしたが、
基本的に「主人公」というのは物語の中心にいるので、主人公のキャラクター性というのは物語の雰囲気に大きく影響が出ます。
それの何が問題なのかっていうと、これもう単純に「作者のやる気」に関わってくるんですよ。
俺はすべてが主人公に都合のいいお気楽ハーレムな軽い話が書きたいんだよ、というのに、重い主人公にしたら続かないですよね。
これは極端な例ですが、大なり小なり主人公の性格は物語に影響が出るので、フラットな状態の作者がパッと思いつくキャラクター性というのが一番いいです。
そして、どんな作品を書くにしても、そこから大きく反れることは望ましくないと思います。

それで、そのうえで差別化を図る手段だけども、とはいえすでに書いたのだけど、
主人公の目的や主人公の行動原理などを大きく変えれば、なるべく雰囲気はそのままに主人公のキャラクター性に差別化を図ることができます。
前述したように「のび太」に「両親の復讐」なんて重い目的を与えたら雰囲気はガラッと変わってしましますが、
例えば「のび太」を「エロ小僧」にしてみたり、「ジャイアンやスネ夫が困ってる姿を影から見て薄ら嗤うクソ野郎」にしてみたり、これだけで結構違うキャラになりますよね。

キャラクターの性格と、そのキャラが何を基準に行動するか（守銭奴なら金、エロ小僧なら女）と、そのキャラの目的の設定というのはそれぞれ違うもので、性格とは切り離してまったく別に考えるべきです。
「出来杉君」のような秀才でも、行動原理は「エロ小僧」とすると、むっつりすけべな良いキャラですよね。勉強しまくってるのは将来モテたいから、みたいな。もうこれ既に「ドラえもんの出来杉君」ではないでしょ。

とまあ、こんな感じ。
性格と、行動原理や目的意識は別個で考えると良い。
性格そのものは、同じでもまったく問題ない。

＞②読者はどう感じているのか。
ところが、性格を頑張って変更させて大きく差別化を図ったつもりでも、
例えば「のび太」は「エロ小僧」で「モテたくてバカをする」というキャラと、「出来杉君」は「エロ小僧」で「モテたくて勉強してる」というキャラの場合。
キャラの性格自体はぜんぜん違うけど、行動原理が同じで目的も似通ってるので、これ「似たようなキャラ」な印象になるのわかりますかね。

言いかえると、そもそも主人公の物語は当然のこと作品ごとに違うので、このように「似たような話」を書いてないのであれば、主人公が似てる気がするというのは作者の思い過ごしである可能性が高いです。
いや、事実似てるのだと思うけど、そこに気がつくのは執筆した作者だからで、読者は気になってないです。

物語は基本的に「キャラクターの動き」で展開していくので、その原動力となる「行動原理」が違えば別キャラとして認識されるし、中身が「似たような人物像」でもぜんぜん気にならない。作家の癖や芸風としか思わない。

ほんで、これはあくまで私個人の考えってだけだけど、
＞それともやっぱり飽きられるのでしょうか？
飽きるかどうかで言えばそりゃ飽きる。
でも、その作者の作品の何が面白くて読んでるって、前述した「作者の癖や芸風」もその一つなんだよね。
主人公とヒロインが罵り合うようなクソ主人公とクソヒロインが面白くて読んでたわけで、次回作の新作で真面目な主人公や清楚なヒロインが出てきたら「この作者なら絶対腹黒いトコ見せてくるんだろうな」と期待する。
それをやらずに真面目清楚なまま終わったら、飽きる飽きない以前の問題で期待はずれ。
飽きるかどうかで言えば、そりゃ飽きるけど、同時に期待もされている。