いろんなケース、さまざまな原因があるんですけど、気が付きにくいものの1つに「作者が全力を尽くす」があります。
全力を出し切って何が悪いか、となりそうですけど、力の使いどころと申したらいいでしょうか。以下、全力を出すことによる弊害について、多少の説明をしてみます。
1.作者の限界が主人公を形作ってしまいがち
主人公は常に登場しているキャラであり、一番の活躍をするべく用意もされるキャラですよね。例えばですが、主人公が必死に何かをやろうとするとします。
作者は「この主人公が必死になれば何ができるか」と考えることになります。すると、作者の精一杯、想像できる限界に達しやすくなります。そうなると別々の主人公が似てくる傾向が出やすくなります。
必死の頑張り以外にも一般化すれば「もし自分(作者)が主人公の立場なら、こういうときはこうする」となるでしょうか。言い換えれば、作者の限界が主人公の特徴となってしまうということです。
2.似ているからまずいとは限らないが
もしかすると読者は気にしないかもしれません。作者ほどには各作品の主人公の類似度を気にしないからです。スレ主さんの作品も、他の作者の作品も気にせず読みます。ジャンルといったことを考えると、類似性は割とあったほうが読みやすいケースもあるでしょう。
作者は自分が書いただけあって、各作品の主人公を精密に比べることができてしまいます。類似性もよく分ってしまうでしょう。仮に各主人公に差異があっても、重ね合わせて考えると1人の主人公が作れてしまうような感覚も覚えがちです。1人で書いてるんだから、実は当然の面もありますが、作者固有の感覚でもある点は注意が必要と思います。
それでも、いずれ(あるいは今でも)リピーターがつくようになると、気にされる恐れはあります。主人公がどれも同じじゃん、主人公を取り換えてもいけてしまう、とか。そのときになって、「じゃあ主人公の差別化を図ろう」と思っても、すぐにはできないかもしれません。
3.余裕をもって描けば変えられる
もしかしてサブキャラだったら、別作品はもちろん、同じ作品内の別々のサブキャラも、特に似ている印象はないんじゃないでしょうか。もしそうならですが、サブキャラは全力を尽くさないからである可能性があります。
サブキャラは必要な時だけ場面に出てきます。描写も主人公ほど手をかけないはずです。つまり、作者としては余裕を持って描いているわけです。サブキャラの行動・言動は、作者の限界よりかなり内側にあるので変化をつけやすい。
4.全力で避けさせるというやり方もある
しかし全力を尽くせ、というのは基本中の基本ですよね。主人公もサブキャラくらいに手を抜けばいい、なんて思って書いたら、作品の質は落ちるでしょう。ちょっとしたジレンマになります。
ではどうするか、となるわけですが、主人公の設定で「こういうことはやらない/嫌う/避ける」といった、行動・言動上の縛りを入れておく手があります。主人公が必死の頑張りをするとしても、ポリシーとして選択しないものがある、というように作り込むわけです。
5.(補足)隠しエピソードを作るとキャラの差別化が楽
そういう縛りは、主人公の物語開始以前のエピソードを想定してみると、割と楽に作れます。
例えば、男性主人公が小学生のとき、気になる女子にいたずらで噛んだガムを投げつけたら、髪の毛に絡んでしまい、翌日、その女子は丸坊主頭で投稿して来てショックを受けた、とか。
以降、主人公は女性の髪を傷つけることは絶対にせず、他人にも許さないようになった、みたいな設定です(主人公がアクションを起こすきっかけにも使える。
逆にトップダウンで、性格とかの大枠から入ると結構難しいです。こういう性格だからこういうことはしない、と考えようとしても、それに反する例がいくらでも思いついてしまうことが少なくありません。
ボトムアップでエピソードから発想すると、結果論で片付けやすくなります。「そういう成り行きだった」という設定にしやすいわけですね。