まずは、これは個人的な主張でしかないのでところどころ断言しちゃうけど、別に「これが正しい」って話じゃないよと断っておきます。

「リアリティ」という言葉を「現実的な」という意味で捉えてるように読めるのだけど、創作において作者が読者に与える「リアリティ」というのは別の言葉にすると「説得力」という意味です。
「現実的」という意味だとすると、じゃあ「現実にありえないもの」は書きようがないですよね。
特にラノベなんて魔法も能力も現実にはありえない事のオンパレードなわけで、だからこそ「それらをどうしたら現実的に書けるか」ということで「リアリティ」と口にしているのではないかと思う。

でもそれは実は簡単な話で、
例えば、「とても優しく綺麗でおしとやかな女性」がいるとする。
そんな女性が、ある日「殺人事件の容疑者」になった。
女性の事を知ってる人は皆、口を揃えて「彼女が犯人なわけない。そんな事はありえない」と言う。
でも、「女性は浮気性の男性と付き合っていた」「男性の浮気相手は女性の妹だった」「女性には毒物の知識があった」などなど状況証拠を積み重ねていくと、
「犯人なわけない」という感情から「犯人かもしれない」という気持ちになっていきませんか。
ここにあるのはただただ「説得力のある要素」であって、物語においては設定もネーミングも「与えたいイメージに対してどれだけ説得力があるか」という問題でしかないわけです。

だから別に精霊の守り人のネーミングがオーストラリアの先住民から借りてきたものであるって事もリアリティのためじゃなく、「彼らが精霊に関する存在である事に説得力をもたせる」ため。
それがリアリティなんじゃないか、というのは個人の解釈だと思うけど、
「どうしたらリアリティが生まれるか？」と考えるのと「どうしたら説得力があるかな？」と考えるのでは、答えの出方が全く違うと思う。
なぜなら「リアル」「リアリティ」というのは非常に抽象的だからね。「どうしたらリアリティがあるか（どうしたらリアルか）」という問いには「リアル」の定義がないので無限に近い回答があると思うけど、「どうしたら説得力があるか」という問いには「結果Aに対してその論拠を示す」というだけだから、割と答えはアイディアに対して数えるくらいのパターンしかない。

創作において「リアリティ」ってのは読者に対する「説得力」でしかないわけです。
説得力さえあれば、「犯人であるはずがない人」も犯人として納得できるものになる。
そこに筋が通ってるので、「リアリティがある」と読者が錯覚して認識するわけです。

これは言いかえると、精霊の守り人のネーミングは「オーストラリアの先住民の言葉」でなくとも別に良い。
読者にそういう印象を与え展開とキャラクターに説得力があれば良いので、例えば、「作者がゼロから創作した言語」でも良いわけです。
もちろん人間には先入観がありますから、ネイティブ・アメリカンやアフリカ系のネーミングなど「それっぽい」ほうが読者のイメージに馴染みやすく、つまり説得力を持ちやすいので、作者の選択は適切でしょう。
うーんと、ちょっと例が出しづらいな……まあいいか。
つまり、
＞一見するとファンタジー世界にそうした現実の論理を持ち込み、「リアリティを持たせる」ことは、逆にこうした「作者/読者が紙という質料を超えて想像する風景」に「現実」を混ぜ、「嘘」にしてしまう可能性を孕んでいると思います。
この解釈は理解できるけども、そんな難しい事はなくて、単に「説得力」の問題だってこと。
だから、例えば「ご注文はうさぎですか」は終始カワイイを押し出す内容でキャラも世界観もそれにマッチするものを選んで構成しているわけで、ココに「文字通り現実的な設定（喫茶店には借金があってとても苦労しているなど）」をぶち込んだら、全てが一瞬で嘘になるので、台無しだって事がわかりますよね。
「カワイイ世界観」に対して「借金で苦労している」などという設定は「説得力がない」のです。

ファンタジーにおいて「どうしたらリアリティが出せるか」と考えるのは、もとが幻想世界ですしこの思考自体はとてもよくわかります。
ですが、そもリアリティとは説得力のことなので、説得力である以上は「何に対して説得力があるのか」って話なわけで。
つまり、設定じゃなくて、物語がまず無いとそこに説得力など生まれるわけもないんですよ。
こういう物語がある、それが「作者が想定するイメージ」になるよう説得力を付け加える、物語に対して説得力のある設定を作る、そういう話なわけですね。
で、そこで生まれる「リアリティ」は作者のイメージに対する説得力なので、ここで「作者のイメージ」がシビアでリアルな現実世界だとするなら、それは「現実的な」ものであろうと思います。
私はごちうさはアニメ１話しか見てないけども、別に「リアリティ＝説得力」が無い・薄いわけではないのよ。
精霊の守り人と比べて、単純に作者のイメージが違うというだけで、両方共に説得力はある作品。私にごちうさはハマらなかったけど、ぶっちゃけ「カワイイ」に対する説得力の強さはかなり強い方にある作品。なので、設定の重厚さなどでジャンル分けする必要はないものだと思う。

以上のことから、
＞幻想とリアルの両立をする方法
という主旨に答えると、
これは作者の中での「幻想」と「リアル」の定義づけをしたほうが良いと思う。作者がそれらをどう思っているか。そしてそれを両立するアイディアはあるか。という話だから。
私の場合は、「幻想」は現実には無いものなので、ここで両立ができると思う。
例えば心霊をテーマに扱う作品でたまに見かける。
物語展開上「幽霊」そのものは出てこないのだけど、出てきそうな雰囲気で恐怖を演出しているって構成の作品や、そこが恐怖ではなく謎などミステリ要素を入れたりとか。
つまり、「幽霊」そのものは書かない。けれど「幽霊に対する説得力」だけはきっちり書く。
幻想という存在せず物語の中にすら出てこないものを、強い説得力でもって描写する。という手段ですね。
この答えは万能ではないけど、一つの回答であると思う。