一応、試案としてなら。
微精霊なるものは、本来、人に近い姿をもっているのだけれど、人間の方の知覚の限界で光の玉のようにしか見えないとする手もあるかもしれません。で、契約者（の魂）は一度体を失い、洗脳され、最後に主人公の微精霊から体を返してもらうという流れなので、そんな経験をしたために微精霊の本当の姿が見えるようになった、という感じ。

このストーリー、「人の目には光の玉のように見える微精霊」が主人公で、「契約者の魂」が相手役なんですね。「中の人」が主体で、契約者の肉体は言ってしまえば入れ物です。そっちには心がないわけですから。
で、微精霊は、

＞唯一の友達だった微精霊が

とありますから「光の玉」の姿でも最初から契約者と心の交流があったわけで、仮に姿かたちはなかったのだとしても「人格性」はあったことになります。
なのでこのストーリーはおそらく微精霊（主人公）の魂と契約者の魂が係り合いをもつ物語で、彼らが契約者の肉体を何度か入れ替わって使う顛末と考えればいいんじゃないかなと。

あと、主人公は契約者の肉体ではなく一時中に入っている微精霊なので、最後に人の姿になった方が続編が作りやすそうですね。