まったく無関係なCという可能性も提示してみる。
無関係ではないけども、例えばAの友人とかBの友人といった形で、彼らの物語とは直接的な関わりがないポジションで、構図としては「なんか凄いヤツを横から見てる一般人」という感じ。ホームズを見てるワトソン。
これの利点は、まったく関係ないから俯瞰で状況を見れるし、そして関係ないからこそ「本人には聞かせられない話」も聞く機会がある。例えば何らかの理由からエージェントBと会話してAの危険性やヒロインの重要度を知るとかね。
言ってしまえば、Cってキャラクターを用意してあるだけで、これは読者視点になる感じ。

AかBかで言うと、まあ、何が書きたいのかによると思うのだけど、割と個人的な妄想が入りつつ答えると、
A視点だと、おそらく事件（？）の中心人物になるからこのAが何をしたいのかAの行動が物語になると思う。A次第で世界がどうにかなっちゃうわけでしょう。するとじゃあAの目的って何さってなる。つまりAが目的達成しようとする話になると思う。
B視点だと、その「監視対象」のヤバさを客観的に伝えられるし、Aが神と一体化しないようにする話、つまりAを妨害する話になると思う。
このどっちが書きたいかって事じゃないかな。

個人的に書きやすそうなのはBかな。
Aを妨害する話になるから、Aかヒロインが何か行動を起こせばそれを防ごうと動くわけで、行動原理が明確だから話が作りやすい。動かしやすい。