その構想の場合。
一般の小説なら、エンタメも含めてＢ視点にする形は普通にあると思います。しかし、ラノベや少年マンガ風のストーリーなら主流はＡかなと。

どういうことかと言うと、その構想だと物語の軸となる事件を起こし先に進めていくキャラはＡになりそうだからです。Ｂのポジションも重要でしょうが、どうしてもＡに対して観察者だったり、行動を起こすときもＡの行動の後追いで対処する形になるんじゃないかと。一般小説ならそういう派手な行動を起こさずに事態を収拾していくタイプのキャラを主人公にするのも珍しくないですが、ラノベ・少年マンガではやや受けは悪いかもしれません。
ただし、だからＢはダメということではなくて、どういう話を書きたいのか、対象読者をどう考えているかによって、まったく話は違ってくるんじゃないかなと。

私見としてＡ視点にする場合の利点と難点は、

１）主人公が主体的に行動し、物語を牽引するストーリーにできる。

２）Ａはおそらく彼を監視・収容している組織の全貌を知らない地点から行動を始めると思うので、ストーリー作りの難易度は高くなりそう。

２の理由はＡが暗中模索の状態から大きな敵に挑む話になるので、どう事態を打開していくかのプロットを組んだり、心理描写を考えたりが難しめになると思うし、組織の全貌などの大きな背景を読者に伝える手順に技術を要するからです。

Ｂ視点の場合は、

３）２の組織の背景などを読者に伝えるのは楽。

４）Ｂは、前半ではＡやヒロインを異常な厄介者としか見ていなかったのが、ストーリーの進展とともにしだいに彼らを理解するようになり、逆に組織のあり方に疑問を持つようになる。最後にはＡ達と共に組織と戦う側にまわる。
そんな展開が考えられます。これは巨大組織を舞台とした「狂っているのはどっちだ？」型のストーリーというやつで、けっこう有力なパターンだと思います。

５）主人公が常識人、かつ調整型・事態収拾型になりやすい。
繰り返しになりますが、これは物語のタイプによっては主人公向きではないということです。

＞いっそダブル主人公として両者の視点を行き来すれば話の全体像が見えるのではとも考えておりますが、読者の混乱を招くのではないかという心配があります。

視点切り替わりのあるストーリーは常に読者の混乱に注意する必要がありますが、割とダブル主人公向きの構想と思えますから検討してみる価値はあると思いますよ。