一人称と比べるならともかく、これは作者のスタンスの問題で、メリットもデメリットもないと思う。

というのも、一視点・一元視点は単に「三人称で視点を主人公に固定する」というだけだから、そもそもよく言われる「一視点は一人称に近いから感情移入がしやすい・主人公と距離感が近い」という事すら、それは作者の創作スタンスや作者の癖・個性・作風によると思うため。
一視点で主人公と距離感が近く書ける作者なら、多視点で書いても視点主との距離感は近く書ける。
そして作品の中で最も視点が当てられる、つまりスポットが当てられる人物は主人公なのだから、一視点で書けるなら多視点でも主人公と距離感が近く書けなきゃおかしい。
既存の三人称多視点でそのような作品が少ないのは、その作品がそういうコンセプトで書かれていないというだけ。
例えば群像劇なんかは一人の主人公に一番スポットが当てられるという事さえない。
つまり、多視点や一視点など技法の話じゃない。それ以前の話。そのうえで、こういうコンセプトだから多視点OR一視点を活用しよう、ということ。
だから、多視点と一視点とを比べてメリットもデメリットもない。
両者を比べて片方のデメリットと感じる部分はあるけど、それは今書いてる作品のコンセプトに対してデメリットが発生する、という感じで、絶対的なものではなく作品に対する相対的なもの。メリットに関しても同じ。

それで言うと、
＞三人称一元視点（主人公）で、違う人間、組織を三人称で書いてしまうと、混乱しますか？
その程度であるなら、例えば一人称で書いてるときに一時的に別の人物に視点を移したり一時的に三人称で書いたりするようなもので、これは基本的には自由。
書き方を間違えなければ混乱はない。
ただ、主人公がいる場面で主人公以外の視点になると、一視点としてちょっと違和感はある。