SAN値直葬というやつですね。

＞この神様自体も全貌は地球どころか太陽系より大きく、能力も事実上全知全能という設定で、

それはSAN値も下がりそうですが、それよりも何よりもそんな強大なラスボスをどうやって倒すのか、またはどうやってお引き取り願うのかの方が大変な気がします。
そのへん、何か具体的な案はあるのでしょうか？

一般論的な流れとしては。

１）ストーリーの中盤あたりから強大なラスボスの存在を仄めかす。
　これは主人公に脅威への心構えを強めさせると共に、読者には期待感を与えます。

２）中ボスとの戦いを通して主人公を鍛え、同時に伏線としてラスボス攻略のヒントを仕込む。
　伏線は最低二つ必要です。中程度のものと、最後の最後で炸裂する大仕掛けの伏線になります。

３）１・２によって、ラストバトルの入り口あたりでは、主人公は策として一応の勝ち筋を想定しています。

４）しかし、それで主人公があっさり勝ってしまったらつまらないので、当然何らかの想定外の要素が明らかになって勝ち筋が崩れ、一転して大ピンチに陥ります。

５）ここで大仕掛けの方の伏線が炸裂して、再逆転。ラストバトルが終局に向かいます。

だいたいこんな感じに考えると思うんですね。
こういう流れが具体的に考えてあれば、節目節目のSAN値の波ぐらいは自然に決まってくるのではないかと思うのですが、いかがでしょうか？