全知全能、絶対者って奴ですね。普通なら顕現した時点でアウト、認識しただけ認識されただけで人間の精神や魂が消し飛ぶ、みたいな。

　SANチェックに相当する描写はあった方が良いと思います。それだけ桁外れの存在なわけですし。
　ただ、その衝撃の強さが主人公サイドにとってどれぐらいの物かと言われると、なんとも言えない感じです。

　世界観の土台となるのがクトゥルフ神話との事ですが、世界設定が現代的な世界なのか、魔法ありきのファンタジーな世界なのか。
　主人公サイドの強度（木っ端の神殺しとか経験済みなら多少は余裕も生まれるかも？　むしろトラウマ刺激で発狂しやすくなる？）がどれぐらいなのか。
　倒せないを前提とするとして、お帰り頂く手段はどういった物を想定しているのか、どの程度の事前準備を行えるのか。

　こういった要素次第かなーという気がします。
　
　とりあえず、倒せないという前提、かつ精神崩壊を起こさない為の手段で思いついた物を、適当に書き連ねてみました。
　
お帰り頂く為の手段が
１．相対した状態でなんらかの品物を使用する事であり、その事実が主人公サイドの心の拠り所となる。
２．儀式とか魔術的な要素で追い返す、あるいはお帰り頂くのを懇願し、それを遂行する人物を守るために奮起する。
３．短時間しか顕現出来ない等の制限があり、時間経過で存在が過ぎ去っていくのを耐える。
４．主人公が関われない部分に伏線を仕込んでおいて、不完全な存在として召喚される。

１．特別な品物
　全知全能相手に命綱レベルの物だと、逆に緊張感が無くなってしまいそうですね。どうせ大丈夫なんだろ？　みたいな。藁にも縋る、の藁ぐらいの信用度だと、読者もハラハラしていいんじゃないかと思います。

　降臨する直前に品物が手に入るような展開ですと、ご都合主義になりそうです。
　まず、その品物が効果を発揮するという事実をどうやって知り得るのか、という部分もありますね。
　その神に関する口伝から細い線を辿っていく、秘匿された古文書や希少な魔術書などの記述を紐解いていく、敵陣営が確保していた物をそれとは知らずに奪い取る、といった感じでしょうか。
　使用する代償とかが存在すると、その辺の葛藤なんかもリアクションとして活かせそうですね。

２．特別な仲間を守る。根性論です
　少年漫画的な展開ですが、仲間を守るための気合・友情・努力です。

　儀式を遂行する人物が主人公にとって特別な存在だったりすると、ドラマチックな展開に持っていきやすいのではないかと思います。描写次第だとは思いますが、恋人以外にも家族や親友などでも映えるのではないかと。
　主人公以外の登場人物のリアクションも、それに準じた物になりそうです。

３．時間いっぱい耐える。これも根性論です
　大体２と同じ展開ですが、時間経過を耐える苦しみなどがメインのリアクションになりそうですね。一人、また一人と倒れていく展開はこっちの方がやりやすいかな、と思います。
　スレ主様にとって、主人公の死がバッドエンドなのかどうか次第ですが、死と引き換えに何かを耐え抜いて世界を救う、みたいな展開は割と見かける気がします。
　３に限った事じゃ無いですが、何人か耐えきれずに発狂する描写を入れると、主人公が耐える描写に重みが出そうですね。
　
　ただ、主人公サイドの無力感を過不足無く表現するのが難しそうで、耐えるための事前準備などにも不備があると、ツッコミどころが多くなってお粗末な内容になりそうです。
　
４．要するに敵陣営の不備。
　登場人物の一人が語る、過去や例え話のような主人公には関与できない内容の伏線が、作中に影響を及ぼしながら少しずつ少しずつ読者の不安を煽っていって、終盤に逆の意味で炸裂する感じです。
　召喚される存在そのものは全知全能だけど、召喚する側の不備が影響して不完全な姿で現れるという、召喚されてしまった絶望感からの逆転劇展開ですね。

　書こうとされている内容に恐らくそぐわない上に、主人公サイドが何かをするのでは無く、敵陣営に不備があったという展開ですので、上手に表現されていても若干のご都合主義的モヤモヤ感が。

※

　太陽系よりも巨大な存在を、そもそもどうやって主人公側がそれと認識するのか、という部分も重要ですかねー。見渡す限り、では表現が足りないような巨大な存在ですし。

　物理的にぶん殴れる感じじゃなくて、神の概念の一部分だけを認識する感じなのかな？　対処するシーンを読んでみないと、やっぱりなんとも言えない感じです。
　善悪や時間を超越してる相手に対処しないといけない、でも簡単に対処出来るなら全知全能じゃないし……みたいな悩みも出てきそうですね。執筆頑張って下さい、応援してます。