主観ですと、自然を悪と断ずるのはかなり難しいと思いました。
おそらく、アライさんは自然は人間のことなどお構いなしに自然災害を起こしたり、人間の都合など関係なく獣は人間を食う、それは悪いことだと思っているようですが、
例えば自然に意思があって、人間を苦しめてやろうと言う悪意のもと自然災害を起こしたり、獣を使って人間を襲っているならともかく、自然は無意識的なものであってそう言った悪意はありません。
なので、自然は確かに人間の都合の悪いことをしていますが、それを悪と断ずることはできないと私は考えます。
自然にも自然の（子孫繁栄）都合がありますから。

まぁ、ここで言っていることはそんなことではなく、エンタメ的な勧善懲悪を書く際に、自然を敵たらしめる理由が欲しいと言う質問内容だと思うので、その理由を列挙していきたいと思います。

・戦いは往々にして先に手を出した方が悪くなります。なので、戦争の火蓋を自然側に切らせると、自然軍が不当に攻めてきて、人間はそれに対抗すると言う勧善懲悪的な関係が生まれます。

・容赦のない、冷酷非道な行いは悪役たらしめる理由になります。なので、自然は人間を捕まえて拷問して最大級の苦しみを与えて殺してるとか、倫理的にしちゃいけない行為を自然にさせると自然は悪くなります。尚、これは自然自体に意識がある場合です。意識がなければ上記の理由でダメです。

・主人公の私怨と言う別アプローチもあります。これは勧善懲悪からは少し逸脱するのですが、主人公は自然側に彼女やら家族やらを殺されており、自然を憎んでいる。主人公を自然絶対許さないマンのダークヒーローとして描くといいかもしれません。

・自然を操る第三者。実は自然は第三者に操られていて、人間を攻撃していた。その第三者が同情の余地もないクソ野郎だった。これが一番しっくりきます。つまり、黒幕がいて、そいつが全部いけない的な、そう言う感じです。

質問内容とは少し逸れましたが、私的に自然を「完全な悪」として書くのは無理があると思います。自然と人間は良くも悪くも相利共生（若干人間が自然に迷惑をかけてる気もしますが）なので、今のアライさんの質問文から察すると、人間は自分たちのしてきたことを棚上げし、自然が悪いと言おうとするあまり、矛盾が生じてる、という気がします（邪推です、すみません）
私がこう言った話を書く場合は、上記の四つのどれかを使うと思います。

お役に立てるか分かりませんが、執筆頑張ってください。