「態度の悪い主人公はどのくらい許容されるのか」は、「態度のいい主人公なら愛されるのか」という問いにもなりますし、今僕も悩んでいる途中なので、グダグダになるかもしれませんが。（前置き

一般論として、
「目の前で苦しんでいる人を見ると辛くなって、嬉しそうな人を見ると幸せになる」
という考え方は、やはり多くを占めるのではないでしょうか。
何かを作る時、そういう常識に沿おうとすると窮屈にもなるんですが、僕自身は、「そういうものなんだろう」と割り切っています。
なので、多くの人に支持されたいなら、「道徳」に沿ったものを意識するのは、当たり前なのかもしれません。

ただ、根っこに据えるべきはあくまで、「作者の感情」であり、その上に「道徳」を乗せた表現なら、アウトロー要素がなくとも、「尖った個性のある作品」となるとも思います。
なので、「道徳をわきまえた主人公」を善とし、「態度の悪い主人公」を悪としてレッテルを張り、どっちかだけが正しいとする必要はないのではないでしょうか。

最近思うのは、読んで下さった方が離れて行く理由は、「主人公の態度が悪くて、嫌い。許し難い」ではなく、単純に「つまらないから」だと感じています。

夜神月は嫌われることの多い主人公ですが、デスノートは最後まで人気がありました。
利己的で独善的な嫌なヤツが主人公でも連載終了まで読み続けた読者が多かったのは、「許し難いキャラクター」故でしょう。
嫌いだから、結末が気になってしまう。
主人公の態度は悪くていいし、それが個性です。

逆に、「品行方正で常識的な主人公」であっても、「つまらなくてどうでもいいヤツ」と受け止められると、支持されないし、最後まで読んでもらえない。
なので、主人公像は思いっ切り踏み込んだものにして、ある程度は叩かれてもいいや、くらいに構える……というのはどうでしょうか？

まず、自分のいいたいことを最後まで言い切った上で、「それは違う！」と言われたら、必要に応じて反論するなり、スルーするなりでいいと個人的には思います。