今は小説・アニメ・マンガ・ゲームなどかなり多数の物語が発表されていますから、プロの作品でも設定や展開の一部が似通っているくらいは珍しくないと思いますよ。
ですから既成作品との類似に気がついたら、その設定を諦めるのではなく、そこにさらにオリジナリティを付加し、差別化をはかる方向で考えてみる方がいいと思います。