主人公を弱者にする。
例えば小学校の頃に男子に興味を持ってしまい「ホモ」と言われイジメられるとか。性に関わる事だけでなく、バイト先とか部活とか自治会の手伝いでとか多方面において主人公はどんくさくて嫌な思いをするとか。その主人公の近くに可愛くて世渡り上手な女の子がいて、主人公に「優しく」してくれる。もちろんこれ「好意と嫉妬」に関わる皮肉表現ね。

『Raw』って映画で、これはカニバリズムがテーマのホラーなんだけど、この映画のインタビューで監督が苦労した点として「観客が主人公に共感する行程を作り上げることだった」と答えてる。
もう少し内容を書くと、ベジタリアンの女の子がパーティーで生肉を食べることを強要され、次第に人の肉を食らうことに目覚めていく。って内容。
この映画で監督が行った共感の手段は、まず「食べられる人（被害者）」を暴力的な男とか嫌な人にしたり女嫌いな人を出したりして、状況として観客が主人公の味方になるようにした。

御作の場合、性同一性障害の男の娘の女性に対する嫉妬や恨みを書くわけですから、この時点で「共感」はしにくいです。
なので、映画Rawのように、ダイレクトな共感演出ではなく「読者に、主人公の味方になってもらう」という手段が適切ではないかなと思います。
そのための方法として、主人公を弱者にする。嫌な人物を近くに置く。というのがわかりやすいのではないかなと思います。