＞「魔物を全て悪と決めつけず無条件に殺さない者がいるなら転生させてもいい、いないなら皆殺しも辞さない」みたいな姿勢ですね。

えーと、つまり
「一人だけを公平なルールで選んで転生させたい」という最高神の意向は女神がゲームマスターに着いた時点でほぼ無視。
学生たちはほぼ嘘になったルールにそって殺し合いさせられており、真の勝利条件を知るには初対面な女神の個人的嗜好をノーヒントで読み取る必要あり。
とこういう状況？

これをそのまま主人公視点で見せられた読者が納得するかっていうと厳しいだろうなと思います。
なので、一つの解決策は、読者の視点を女神側に寄せること。
「女神と読者は裏ルールを知っており、主人公らは知らない」状況であれば、読者はご都合主義とは言いませんし、主人公は善意100％になるので女神さまと如月さんも満足できるはず。
女神視点のシーンを何度か挟み、直接言及はせずとも「女神が裏ルールを定めていてそちらの方を重視している」ことを匂わせておけば伏線として十分かと。
ただし、登場人物らの戦略知略に驚かされるというデスゲーム的な楽しみはかなり弱くなります。

もう一つとして、デスゲーム的面白さにこだわるなら、最初のルールの方を捨ててしまうのもありかと。
女神は「全ゾーンクリアした人だけ転生」というルールを提示し、ゾーンのクリア条件は秘匿。
「ゾーンボス討伐＆一定人数以下」は級友らの誤った推測。途中のゾーンで真の条件達成とボス討伐や人数減少のタイミングが重なることが続いてしまい、誤解したまま最終ゾーンまで流れ込む。
これなら、女神は嘘を言っていないので公正さは保たれるし、主人公が生き残ることも突然出てきた裏ルールのおかげではなく、最初から提示しているルールによるものだとできます。
級友らの誤解が間違っている伏線を張り、「真のクリア条件は何か」というところに読者の意識を惹きつければ知的好奇心を満足させられるでしょう。