ええと、意見を書くに一言忠告。
　自分が立てたスレッドに誰かが意見をくれた時は、たとえ一言であってもお礼の返信をし、出来る事なら『どういう風に受け止めたか』を書いた方が感じが良いですよ。
　スレッドに回答をくれる人も『相手がいる』からこそ意見をくれるし、いくら善意の活動であっても、感謝の言葉がないと寂しい人も多いですからね。

　さて、相談内容への回答る前にもう一つ。この作品プロットを読む限り、申し訳ないが設定の矛盾・動機の不透明さなどが際立っており、ハッキリ失礼を申し上げれば、『穴だらけ』です。出来れば一度、短い作品を仕上げてからプロットを練り直すことをオススメします。

　そのうえで、どうしてもこの作品を仕上げると仰るのなら、プロットにおいて問題があると思われる点を順にあげますので、そこの修正をされればかなり良くなると考えます。

第一話：
　3において玲奈に出会った後、待ち人をガン無視して祖母のもとへ向かう理由は？
　4で『刀を納める』とあるが、元々帯刀していたのか？　刀をもらったということ？
　6で咲姫と口論になるプロット上の必要性は？
　7で祖母が瑞希を女子高に通わせようとする理由は？　物語開始時点で瑞希は学校に通っていない？　転校であるなら、前の学校では男子生徒だった？
　8『女子にトラウマがある』のに『男の娘』である理由は？　男らしくして女子を引き付けないという手段を取れなかったのか？
　9～11について。なぜ祖母は瑞希が男の子だと知らない？
　13、ダイエットの理由は？
　18、咲姫が刀の精であると知っていて、なぜ刀を持ち出した？/知らなかったなら、家にいた時点で疑問を抱くべき。
　20、鎌鼬が襲ってきた理由は？
　25、における表記では妖怪は一般的で無い様だが、冒頭含め瑞希の対応が冷静すぎる。
　28、転校する理由は？　以降のプロットを見るに、この時点では瑞希は母親の失踪を知らなかったはず。また、今まで妖怪の存在を知らなかったことから、田舎を離れる方が安全と考えるのでは？

第二話：
　2、祖母ではなく叔父が付き添う必要性は？　理由がないなら、キャラを増やすことはお勧めできない。
　7、鬼車はなぜ瑞希の母を探していた？　娘として紹介された以上は母に連絡を取るのが道理であるが、どうして瑞希は母の失踪に気付かない？
　9、ぶった理由は？　『女妖怪』と鬼車は同一人物？
　11、どうやって一泡吹かせる？　なぜぶたれた理由を問わず、すぐ実力行使に移した？
　12、恐らく女妖怪の方が瑞希より強いのに、黙って去る理由は？　もし、そこらの妖怪より強いなら、鎌鼬に勝てなかった理由は？
　14、直近であった出来事に関係なく女子・女子高への偏見を語る理由は？
　16、以降のプロットを見るに、瑞希はこの時点で母の失踪を知らない。咲姫はどういう意図で質問した？　もし、明記されていないだけで探していた場合、なぜ咲姫はそのことを知っている？
　17・18、女子への不満を咲姫にぶつけたのは瑞希であるのに、何について怒る？　『なぜ女子高に来たか？』『母を探しているのだろう？（図星を突かれた）』ということについて八つ当たり気味に起こるのであれば、嫌いな『女子』である咲姫と喧嘩した後に女風呂に入る意味が分からない。むしろ忌避するだろう。
　
第三話
　1、なぜ母親の連絡先を知らない？　電話・手紙・祖母に尋ねるなど、手段はいくらでもあるはず。というか、なぜ図書館で調べられると判断した？　田舎に来るまで、母と暮らしていたわけではないのか？
　2，なぜ、『先生に見つかる』？　図書室は利用禁止なのか？　それとも、母親が重罪人で探してはならぬ理由でもあるのか？
　3，今までにも何度も書いたが、なぜこの期に及んで行方不明であることを知らなかった？　行方不明でないなら、どうして母を探していた？

第四話
　1、直前まで母を探していたのに、なぜ鍛冶師妖怪のもとへ向かった？　咲姫は刀の精なのだから、この時瑞希と一緒に居なかったのか？
　2，何の『中から二式拳銃を見つける』のか？なぜ勝手に持ち出したのか？　咲姫・刀は鍛冶師のもとに置いてきたのか？
　3，鎌鼬が村に侵入できた理由は？　学園（対妖怪組織）のすぐ近くであるはずの村に侵入できる理由が不明だし、以前にも瑞希が襲われているのに危険人物として警戒されていなかったのも不思議。
　4～6、『拳銃しかなかった』と言いつつ『刀を奪われる』矛盾。
　7、刀＝咲姫であるなら、何らかのアクションがあっていいはず。刀＝咲姫でないなら、冒頭で部屋に咲姫がいたことがまずおかしい。
　8，鎌鼬はなぜ瑞希にトドメを刺さない？　瑞樹を鍛えるつもりで襲い掛かって居るなら、襲うタイミングがおかしいし、慢心しているなら説教などせず、刀以外にも拳銃を奪うべき。
　10、現状で瑞希は足手まといにしかなっていない。玲奈との絡みも、二回とも助けられる関係性でしかないので、ここまで瑞希に優しくする理由が不明。
　11，葛藤する理由は？　瑞樹からすれば『妖怪』という危機に再三襲われているうえ、玲奈は妖怪サイドの人間。信用するどころか、敵とみなすのではないか？
　14，妖怪について知らない場合、祖母は何を叱った？　妖怪について知っていて、瑞希のためを思って行動している場合、なぜ色んな情報を隠して田舎に呼んだ？　妖怪について知っていて、かつ瑞希を利用しようとしている場合、なぜ瑞希の反感を買うようなことをする？　上記のどれにも該当しない、つまり『妖怪について知っていてかつ、瑞希のためを思って行動しているわけでもなく、しかも計画的に瑞希を利用しようとしていない』場合、祖母は何をしようとしている？
　15、何がどう展開して咲姫の優しさを知った？　咲姫が優しいかどうかと妖怪の危険性に関係はない。なぜ任務に行くことにした？

第五話：
　1、ここの表記によると、瑞希の刀と『刀の精』である咲姫は同一であると取れる。今までの疑問点について、更に矛盾が深まる。
　3，包囲戦を仕掛ける→休憩、と戦闘がガッツリ省かれており、よくわからない。もう少し細かく書いてほしい。
　4，吉野って誰？
　7，今まで瑞希は鎌鼬に対し、全線全敗である。なぜ、『生徒たちの支援を受け』瑞希がメインで戦う？　言いたくないが、学園が組織として無能。
　8、突然倒れる理由は？　『突然』とつく以上、鎌鼬以外の要因？
　9、女妖怪どっから出てきた？　第二話における女妖怪と同一人物？　であるならば、瑞希を助ける理由は？
　10、どうやって？
　12，守るべきものって何？　現状ほぼ守られてるだけでは？
　13、表彰を受ける理由がわからない。瑞希は自分の不始末として奪われた己の刀を、学園全体の力を借りて取り戻した展開である。自分のケジメに他人を巻き込んでいるのに表彰されるだろうか？
　14，祖母はなぜ知っていた？　なぜ今まで言わなかった？　なぜ今言った？
　15，対立した理由は？　祖母は母の死を告げただけにすぎず、母親の仇でもなければ、鎌鼬の黒幕だったりするわけでもない。不自然。
　16、逃げる理由は？　祖母が強いということなのか、何か衝撃の事実にメンタルをやられたのか。前者の場合、玲奈や咲姫と協力して祖母に挑んではダメなのか？
　17、刀のケース、というのは鞘の事だろうか？　万華鏡について、何の伏線も説明もないため、いまいち意味が分からない。
　18、タイトルを知りません。タイトル回収って何？

　あたりが、ひとまずの疑問点です。各キャラ・設定についてもいろいろ突っ込みたいのですが、ぶっちゃけると企画段階でボロボロなので、『何がしたいか』『どういうキャラクターか』『誰が、何を目的としてそれぞれ動くのか』あたりをもう少し詰めた方が良いと思います。
　
　また、男の娘の葛藤とかジェンダーについて書いてみたいとのことですが、現状そう言ったことができる域にない・それ以前の問題点が多数あるように見受けられるので、オススメしません。

　以上、何かと失礼なことも書きましたが、俺の意見でした。