＞また、皆様は創作のときプロローグは制作中のどのタイミングで考え、決定していますか。
＞入れない場合はなぜ、そのように判断されましたか。

プロローグは、基本的にプロットを考える時点で作ります。後から考えて追加するくらいなら、追加する必要はないからです。
プロローグだろうとエピローグだろうと小説のすべてのパーツは、最初から考慮して設計するのが理想。設計段階で入っていなかったものは、必要ないから入っていなかったのだと考えるべきです。
ただし、これはあくまで理想であって、現実問題としては設定ミスということもありますし、途中まで作ってから追加するということは少なからずありますが……

でですね。
やとうさんの考案されたプロローグが悪くないかもしれないと思ったのは、繰り返しになりますが、

＞「出会ったときからこの人は変わらないなぁ…」

これに注目したからです。

変わらないと言っていますが、実はここに一つ変化がありそうなんですよ。それは、

サムライが変わらない　＝　小公子が変わった

なんじゃないかと。

そもそもストーリーというのは何らかの変化を描くものです。
ですから「変わらないなぁ」という感慨が、本当に起承転結を通じて何も変わらないとうことだったらダメなんですね。
だから二人の初対面では、価値観の相違とか、サムライの言動が小公子の目には粗暴に見えたとか。そうしたことがあって初っぱなでは反発や衝突があり、紆余曲折を経て小公子からのサムライへの見方が変化するという過程が不可欠になります。
そして、「この人は変わらないなぁ」と。
変わらないのは小公子と読者に実感させたいサムライのクオリティ・魅力であって、それが反発から信頼感に変わった結果、小公子は伯爵家と対決する勇気を得る。そんな感じの流れが作れそうだと思いました。

このプロローグには他の方が指摘されている懸念が多少あるのも事実だと思いますから、そこは慎重に。
ですが、私的には上のような理由でプロットの本筋にうまくからめられそうな要素を感じたので、前向きに検討してみることをお勧めしたいです。