キャラクターが書けない！の返信の返信

　黒鐘 黒ぅさん、返信ありがとうございます！
　仰る通り、自分はストーリーを優先して設定してからキャラを配置しています。しかし一方でキャラを、ストーリーを決めてから作るのかといえばそうでもありません。厳密に言いますと「①共通した世界観のキャラのコンビ、関係を複数作る」「②ストーリーの概要を決める」「③ストーリーの概要に合いそうなキャラを配置する」という手順で創作をしています。
　この①の段階で黒鐘さんの仰る「迷子になってい子を見かけた時」などの展開はある程度決めているつもりですし、必要になれば物語を書き進めている途中でも手を止めて考え直しています。
　そのため自分の中ではある程度「人間らしく」出来ているキャラたちなのですが、それでもいざ書いて発表すると「操り人形」「ご都合主義」「キャラに意思がない」などのコメントをいただきます。
　キャラの魅力に関しては勉強中でして、様々な小説や漫画などを研究しています。現在は漫画だと「恋愛ラボ（宮原るり：著、芳文社）」や「月刊少女野崎くん（椿いずみ：著、スクウェア・エニックス）」で女子のことを、男子に関しては「銀の匙（荒川弘：著、スクウェア・エニックス）」や「ホイッスル！（樋口大輔：著、集英社）」などを教科書としています。また小説では女子を「響け！ユーフォニアム（武田綾乃：著、宝島社）」や「空飛ぶ馬（北村薫：著、創元推理文庫）」で、男子（男性）に関しては「江神二郎の洞察（有栖川有栖：著、創元推理文庫）」「神曲奏界ポリフォニカ（榊一郎：著、GA文庫）」などで勉強しています。SAOやリゼロ～などは研究対象としたことがなかったので、これから手を出してみたいと思います。
　しかし研究方法が悪いのか、あるいは根本的な何かが見えていないのか、どうにも上記の作品でも「活きたキャラ」と「操り人形となっているキャラ」の区別がつきません。ストーリーを主軸に見てしまう癖のためかもしれませんが、キャラの行動が綺麗につながると「このストーリーはこうなっている。だからこうしてつながるし、伏線が活きるのか！」としか感じられないのです。
　このような場合は、どうしたら良いのでしょうか？
　お時間のある際に、再度ご助言をいただければ幸いです。