自分の小説に他の作品の要素(種族、アイテムなど)を入れたい場合、それはOKかNGか、また位置づけは何になるかの返信

程度によるし、拝借するアイディアにもよる。
例えば完全にオリジナルの能力とキャラを出したとしても、「悪魔の実の能力者」という設定だったら、二次創作ですらないパクリ作品。
原作の能力やキャラが出てこないことが、逆に「二次創作ですらない」にかかってくると思う。
しかし、これが「どう見ても悪魔の実の設定だけど、名前が違う」だと、能力もキャラも物語もオリジナルなので、これはオマージュの域。原作に敬意を払えばまず問題にはならない。
二次創作でもパクリ作品でもなく、オリジナル作品に人気作品のオマージュがある、という形になると思う。
ただ、原作とはまったく関係ない場所を舞台にした二次創作と最初から言ってるなら、面白い試みではあると思う。

一方で、「スカウター」という道具を出す場合、その効果も名称も同じだったとして、まあ指摘は入るだろうけど特に気にされない、と思う。
二次創作ではないしパクリと言われるだろうけど「ドラゴンボールに出てくる道具をパクった」だけで「ドラゴンボールをパクった」わけではないので、あんまり非難されないというかむしろネタになる程度の、やはりオマージュの域ではないかなと思う。主にギャグ系でこういうのはよくありますよね。

＞それは大丈夫なのでしょうか？
基本的にはNGとされることが多いと思う。
例の「サイヤ人の設定を出したい」という場合、それ以外の設定は独自のものであるなら、そもそも「サイヤ人」を出す必要性がない。
設定的に魅力があるから借りたい、と思うのであれば、それは設定を借りるだけなので名称を変えたってなんの影響もないハズ。
設定にしても「サイヤ人っぽい戦闘民族」であれば良いはずなので、「サイヤ人」そのものをまんま出す必要性がないと思う。

例えば「別次元から戦闘民族がやってきて、彼らはサイヤ人と名乗ってる」みたいなジャンプのゲームみたいな設定であるなら、「サイヤ人」を出す必要性はあるし、それはクロスオーバー作品でしょう。

ただ、まあ、創作ってアイディア次第ですからねぇ。私がいくらココで想定しても、それ以外のアイディアは山程あるわけで、例外も山程あります。
例えば、ウルトラマンやバルタン星人のような特徴的なキャラクターなどは「名前が違えば良い」というわけでもないし、そして物語が不思議の国のアリスよろしく「主人公の夢の中の出来事」とか「誰かの空想が具現化してしまった」とかって設定なら、既存のキャラクターが出てくることには必要性がある。
更に、それは既存のキャラは出てきているけど、クロスオーバーでも二次創作でもない、と判断されると思う。

既存の作品の要素が出てこないと書けない内容であるなら、出しても問題ないと思う。
でも、個人的な見解で言えば、可能な限り出さないほうが良いと思う。
「既存の作品の要素」でなければならない理由や必要性がないのなら、それはあくまで「既存の作品の要素を参考にする」にとどめて、ご自身で考えたほうが良いと思う。