王道的な悪役令嬢モノの場合、悪役令嬢が魅力的なヒロインに変貌するきっかけが必要なんだと思うんですね。そのきっかけは、乙女ゲームについて思い出した瞬間とするのが自然かと。そして思い出すまでは性格の悪いキャラである必要があり（そうしないと、どこが悪役令嬢なのかわからない）、ストーリーの前半で主人公が性格の悪いキャラなのは得策ではないような気がします。

この問題を回避するためには、記憶を3段ロケットにするとかかなあ……

1）完全悪役令嬢期
2）前世の記憶は思い出すが、乙女ゲームについてはまだ思い出さない時期。
3）乙女ゲームについて思い出してから。

1＝「嫌な性格」期になるので、ここはできるだけ短くするか、2からストーリーを初めて1は回想程度にするのはどうでしょうか？
いずれにしても3が重要な転機になるはずですよね。そこから主人公の「破滅フラグ回避ゲーム」がスタートするわけですから。

3の前に2を置くことにした制作意図が分からないので何とも言えませんが、想像するところ、2の段階で「嫌な性格」期は脱しているものの「婚約を破棄されそうな雲行き」「他のキャラとの軋轢」「ヒロイン（ゲームの）の登場によって立場を脅かされる」などを克服する方法がわからずに煩悶する感じにして、3に至り突破口を見つけるという流れになるでしょうか？
そんな感じならば、主人公の2から3への変化によって攻略対象キャラのリアクションも明確に変化するように描くのがいいのかなと思いました。