すみません（汗）、質問の前提そのものに疑問を投げかけるのは、私の悪いクセだとは思いつつ……

・何か重要な情報が、ストーリーの終盤で明かされる。

・主人公にはその話の意味や内容が理解できない。

・読者には分かる。

こういうシチュエーションを終盤に置くこと自体に懸念を感じます。理由は、これですとこの後の主人公の動きにまったくつながらないか、動いたとしても見当外れな方向に動いてしまうからです。終盤であるにもかかわらず、主人公がストーリーの中心に居ないということになってしまう可能性が高そうに思えます。
３人以上の会話だからどうこうではなく、シーンを入れるタイミングに問題があるんですね。

このシチュエーションは、主人公と読者の知識にギャップを作っているということです。
そういうのってストーリーの前半かせいぜい中盤までなら、テクニックとして無くはないです。
例えば主人公やヒロインの生死に関わるような情報を、読者には知らせ、主人公はまだ気づいていないという状況を作るのはよくある手法です。
もっと分かりやすいイメージで言うと、主人公は崖に向かって歩いているんだけれど、崖が主人公には見えず読者には見えているという状況ですね。
「おいおい、それ以上進むと死ぬぞ！」と読者にハラハラさせるわけです。

しかしストーリーの終盤では、出来事の一つ一つが主人公の行動にダイレクトにつながっていくことと、読者と主人公の気持ちが一つになることが望ましいので、上のような手法を入れるタイミングとしては遅いと思います。

……そう私見を述べた上で。

どうしてもそういうシチュエーションを終盤に入れたい理由があり、そのシーンだけもたつかないように書きたいなら、普通に工夫はできると思いますよ。
その会話だけで読者にパッと理解させる。地の文による補足などには極力頼らない。目指すのはそれだけです。
そのためには、会話だけで「ああ、そういうことか！」と端的にピンとくるような伏線を、先に入れておくだけです。

ただ。

＞それを聞いている主人公の心情の起伏もなく、

この点についてはどうしようもないですね。これは私が先に説明した「主人公の行動につながらない問題」とほぼ同じことですから、そこが気になるならそういうシーンを終盤に置くこと自体を断念するしかないでしょう。