こんにちは。
たくさんのご意見ありがとうございます。まとめて返信とする無礼をお許しください。

返信をまとめるのは、単に多くの方にコメントをいただいたからだけではなく、自分の質問の不明瞭、説明不足な点を一気に解消させてもらえたら、と思ってのことです。設定の後出しのようで申し訳ないのですが…
ちなみに、時代設定は17世紀あたりのヨーロッパがモデルの異世界ですが、魔法はありません。
（以下、父親をA、娘をBとします）

まず、何名かの方のご明察の通り、父Aと娘Bの親子関係を証明する必要が生じたのは、お家騒動が原因です。
Aは宮廷庭師という設定なのですが、高齢のため職を辞そうとしても、適当な後継者がいません。息子たちは早くに亡くなり、傍系のCとDが後釜を狙っています。Cは実力はあるものの若年で、庭師としての実績と貫禄のあるDに比べると不利な状況です。そこで、生き別れになっていた娘Bの存在を知ったCは、Aの直系である彼女と結婚して後継者争いの優位に立とうとします。
こういった背景があるため、BがたしかにAの娘であると親族たちに証明する必要があるのです。

次に、AとBの関係についてです。
Aはその昔、旅先で知り合った親子ほど年の離れた娘と恋に落ち、その結果Bが生まれました。ところが、（当人たちは真剣でも）結局は行きずりの恋の上不倫関係なので、妊娠がわかる前に二人は別れてしまいます。
Bの母親はAに負担をかけたくないと、娘が生まれたことは知らせませんでした。そのため、AはBの存在を長らく知らないままだったのですが、老いを目の前にして人生の精算をしたいとかつての恋人の居場所を辿った結果、初めてBの存在を知った、という流れです。
知っている方はお察しと思いますが、「ジョジョの奇妙な冒険」における、ジョセフと仗助の関係そのままですね。
Aは当然Bとその母親に会いに行こうとしたのですが、その矢先に発作か何かで倒れてしまい、身動きが取れないうちに認知症が進み、黄昏の人となってしまいます。
娘探しは家族に内緒で行なっていたので誰も知らないのですが、唯一Cだけが偶然にそのことを知り、Bを利用しようと動き始める、というわけです。

ちなみに、物語自体はBとCの成長と恋模様を描いたものになる予定です。

うまく説明できたかちょっと不安ですが、こういった背景があっての先の質問でした。みなさんのお答え、大変参考になります。
以下、簡単にですが。

・神崎さん
残念ながら、作品舞台が17世紀ヨーロッパをモデルとしているので写真という案は使えませんが、カメオというのは良いですね。父親の家系の紋章のカメオを首から下げてお守りとしている、など使えそうです。
ありがとうございます。

・サタンさん
自分も、ワンピースのそのシーンでは涙腺が緩んだ派ですのでよくわかります。難しいですが、やりがいがありますね。
しかし、感動の再会で親子同士が納得しても、そのシーンで周囲の親族まで一緒に絆される…というのは、やっぱり違和感がありますよね。それはそれとして、また別の証明が必要になりそうです。
ありがとうございます。

・手塚満さん
詳しくありがとうございます。御察しの通り、血液型なども確定されていない時代設定です。説明不足ですみません。
やっぱり、水戸黄門の印籠のような都合のいい方法はないですよね。はっきり言っていただけてスッキリしました。
ちなみに、Bの母親はAと別れた後は修道院に入り、今に至るまでAを思い続けているという設定なので、貞操に関しては信用に足るかなと思います。

・大野知人さん
コメントありがとうございます。
Bを認めたくない親族の妨害、やっぱりがっつり書くべきですよね。正直、陰謀とか頭脳戦は苦手なもので、Bの実力を上げた上で血筋の正当性も示し、「ぐぬぬ、悔しいが仕方がない」みたいな展開にしたかったのですが、それじゃ面白みに欠けますね、やっぱり。
妨害キャラ、頑張って考えてみます。

・なんて書こうか？さん
貴作の例を挙げていただきありがとうございます。
AとBは目の色が一緒、というのは考えていたのですが、もう少し踏み込んで一族固有の身体的特徴、というのはいいですね。参考にさせていただきます。

・ふじたにかなめさん
プロット相談に続き、こちらでもコメントをありがとうございます。
Aの秘密を知っていることで、親族内でのBの存在価値が高まる、というのは目から鱗の発想でした。それがあれば、かなり有利にことが運びそうです。
実は、あの時見ていただいたプロットに大幅に手を加えています。いろいろ教えていただいて、自分なりに思うところありまして… 結果、登場人物の名前だけが一緒の、別の作品になりそうです。
またプロット相談にあげるつもりですので、よろしければご笑覧いただいけると嬉しいです。

・あまくささん
丁寧な例示をありがとうございます。とてもわかりやすいです。
一族とは関係ない公平な第三者を含むBの応援団が少しずつできてくる、というのはいいですね。Bには、慣れない上流階級のことから庭師のことまで、身につけなければならないことが山のようにあるのですが、それに真摯に取り組み、彼女自身の才能も開花することで味方ができていく、という流れにしたいなぁと思います。

・tさん
プロット相談に続き、こちらでもコメントをありがとうございます。
決定的な証拠より、読者の納得が大事。本当にそうですね。ストーリーの正誤性、滞りなく進めることばかり気にしがちでしたが、そこを忘れないように気をつけたいです。
後半の励まし、とても力になります。
あの時見ていただいたプロットが今大きく変わろうとしています。ですが、それは誰かに言われたからというより、言われたことに自分自身が納得し、今は描きたいものを書くよりテーマや起承転結を大事にした習作を作ろう、と思った結果です。
ご迷惑でなければまたご意見いただけたら嬉しいです。