知財関係はけっこう複雑で、シロウトには把握しきれないところがあります。出版社はそういうことに精通しているはずなので、プロの作品なら問題がある場合は編集者などがチェックするのではないでしょうか。

一応、私程度が知っている知識の範囲で書くと、作品中に実在の企業名・商品名を登場させること自体は法律的には問題ないようです。そういうものは商標登録されていることが多いのですが、商標権というのは同じ分野の商品にしか適用されません。要するに、「他社製品のニセモノを作って、同じ商品名をつけて売っちゃダメよ」という趣旨の法律なんですね。だから作品に登場させるのは該当しないわけです。
ただし商標法上は問題なくても、商品の価値を貶める書き方をした場合は営業妨害とみなされる可能性があり、仮に法的根拠があいまいでも個人が企業から「場合によっては法的措置をとる」なんて通知されたらビビるでしょ？
そういう事案はシロウトの手に余るので、プロに任せる方が無難。もしくはそんなことでいちいち迷うのも面倒くさいので、最初から実在の名前は出さずにもじったり伏字にすると決めてしまうなど。例の「この物語はフィクションであり、実在の人物・団体とは一切関係ありません」なんてのもありますよね。
まあ、LINEやYouTubeは事実上一般用語に近くなっているから、私なら会話中くらいなら使いたいですけどね。その方が自然なので。

余談。
ジブリの『魔女の宅急便』の「宅急便」をヤマト運輸が商標登録していたためトラブルになり、映画のスポンサーにヤマト運輸が入ることで和解した、という有名なエピソードがあります。
だけど、この事案も映画と宅配サービスはジャンルの違う商品なので、実は法律的には商標権侵害に該当しないとのことです。ヤマト側も「別に訴えことはない」とアナウンスしている模様。
ただ、ジブリ側が作品名をつけた時点で「宅急便」が登録商標であることを知らず、後でわかってヤマト運輸と連絡を取り相談した、というようなことはあるらしいです。