まずは、「名称を出す必要があるのか」と考えます。
「学校」なら「◯◯高校」と書かなくとも「学校」と書けば十分に言葉の役割は果たしています。
名称を出す必要性がある場合は、「学校」という施設が複数出てくるスポーツモノだとか他校のキャラクターが絡んでくる場合または特別な学校である事を表現したいなど、「学校」というものに差別化が必要な場合でしょう。
それ以外の場合は、基本的に作者の満足でしかない事が多いです。
であるなら、ネーミングは作者が納得できりゃそれでいい、ということになります。

納得しやすくするため、プロットやあらすじの段階では特に名前は決めません。
内容が決まってないとイメージが曖昧なため、決めても納得できるものにならないためです。
物語が形になって、雰囲気がつかめてきたら、その雰囲気に合わせて適当に決めます。
大雑把には、女子校なら花の名前の漢字を一字入れる、男子校なら硬い漢字を一字いれる。あとは地名の一字を合わせるなど。
共学が主だろうけど、共学の場合はほとんど雰囲気任せなのでどうも説明しにくいです。
無難なものなら地名をそのまま。
「東西南北」が頭につく「北◯◯高校」または「第一・第二」といった数字が頭につく「第二◯◯高校」などは分校ないし派生した印象があり「この学校だけの話ではない」というイメージがつくため、ホラーやミステリなどには良く使います。
例外として、ギャグ要素の強いコメディなんかは有り得ない学校名にします。これも笑いの一つだし、利用しなきゃね。
コメディ要素があれば「江暦輝学園」とか変な名前にしてもいいんだけど、適当に見えていざ使うとなるとセンスがないと何も思いつかない高度な技。
「ハーレム学園」とかよく思いついたよなーと思うｗ