＞厳密には、ドラゴンとダイナソーは似てはいるかもですが、全く違う生き物な訳で、竜人から恐竜人が生まれるのは、やはり矛盾になってしまうのではないかと感じてしまっています。

＞一応、竜人族はかつて、我々地球人と似通った異星人によって作り出された生物兵器であり、製造の際に恐竜を用いたーーという裏設定があります。

＞なので、主人公はいわば先祖帰りをし、恐竜人として生まれたのですが、だとしたら、竜人達が魔法的な力を駆使できるのも矛盾しているような気がしてしまうのです。

別に矛盾はしていないように感じます。

１）恐竜に特殊能力が付加され、竜人が生まれる。

２）竜人が進化する。

３）主人公が能力を付加される以前の恐竜に先祖返りした状態で生まれる。

こういう流れですから竜人と恐竜人はルーツを同じくする種族ということになります。姿が似ているだけの全く違う生き物ではありません。
また（３）の事情がありますから、能力に格差があってもおかしくはないでしょう。

強いて言えば恐竜人と竜人発生の関係性を上手く読者に伝えないと少し分かりにくくなるかもしれないとは思いますが、そこは設定と書き方を多少工夫すれば解決する問題かと思います。根本的な矛盾ではないでしょう。

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もう少し踏み込んで私見を述べるなら、設定に矛盾があるかどうかよりも、竜人族と恐竜人の関係についての「物語的な意味」を意識してほしいかな。むしろ、そっちが重要かと。

具体的には、

＞皇子でありながら無能無才と父からも諦められ、民にも密かに見下される幼少期を過ごします。

＞しかし腐らず、一日も欠かさず訓練を続け、同族最強とされる竜人を圧倒するまでの強い戦士に成長しますが、結局認められず星から追放されてしまいます。

ここが肝ではないでしょうか？

ぱっと思ったのは、「みにくいアヒルの子」ならぬ「みにくい竜人の子」だなということ。
あの童話の本筋は、親や兄弟と異質に見えた主人公が、それゆえ「アヒル以下」とみなされてしまった。しかし本当は「アヒル以上（白鳥）」だったという逆転のストーリーなんですね。それによって、主人公に感情移入した読者は満足感を得ることができるという仕組みです。

もちろん、スレ主様が御作で目指す方向がそれと同じでなくてもかまいません。

ただ、分かりやすい例だと思うので一応「みにくいアヒルの子」型にあてはめて考えると、主人公が竜人の能力を持たないことの「ポジティブな意味」を見つけていく物語にする感じです。

ポイントは、

◎主人公がなぜ先祖返りしてしまったのか？

そこに意味を持たせることかもしれません。
あくまで一例ですが、竜人の起源は兵器だったということですから、それによって何か悪しき要素も抱え込んでしまったということにしてみます。それによって生じる竜人社会の歪さや衰退の状況に対し、主人公が純粋な恐竜種だからこそ打開できる道を見つける、みたいなイメージです。

繰り返しますが、以上は分かりやすい一例として書いただけですので、まったく違うストーリー展開でもかまいません。

ただ、主人公が純粋な恐竜として生まれたことの前向きな意味を意識し、それを中盤～終盤のストーリーに盛り込んでいけば、恐竜人と竜人をめぐる設定も意味を持ってくるのではないかということです。