恐竜は卵生、竜人族は胎生、ヒロインは哺乳類系で胎生。そこを固定するのが必然なら、胎生の生物から卵生の生物が生まれるのは少し苦しいですね。
しかし、そもそもそう固定する必要があるかどうかは多少疑問です。

舞台は地球とは生態系の歴史の異なる異星なわけですから、恐竜といってもティラノやステゴサウルスがいたわけではないだろうと思います。地球の生物と比較するなら恐竜に似ているにすぎないのでは？
であれば、そもそも「その星にかつて棲息していた恐竜」＝卵生にこだわる理由があるのかどうかも不明です。

もしくは。

１）竜人族（胎生）の皇子として主人公が生まれる。

２）普通に考えれば主人公も胎生。

３）ただ、主人公は竜人としての能力を持たず、劣等者とみなされる。

４）後に主人公は、竜人族のルーツの一部である恐竜の特徴を持っていることが判明。

こういう流れですよね？

しかし、そうであれば生物兵器・竜人が誕生した時点でも、恐竜は卵生、竜人は胎生。この違いはどうなるの？　という問題はあるわけで。
この設定が成り立つ前提であれば、初期の竜人は恐竜（卵生）の遺伝子か何かを利用して作られたとしても、それはあくまで一部であって主体は胎生生物だったのだと考えられます。
だとしたら、物語時点の恐竜人・主人公は、設定的には胎生でもかまわないということになりませんか？　胎生の竜人の子なのだから主人公も胎生で、しかしながら何らかの原因で祖先誕生の重要要素である「恐竜」の性質を色濃く備えて生まれてきてしまった。ただし色濃くてもあくまで要素なのだから、生殖機能については親と同じ胎生。これでも矛盾はないと思いますが。

それでも主人公は恐竜であるということを重視して卵生にしたいということであれば、それは作者の趣味にすぎません。設定はどうにでもなるものです。

……と思うのですが、いかがでしょうか？

ちなみに、恐竜好きのスレ主様には釈迦に説法でしょうが、現在の学説では恐竜は鳥類とされているようですね。
余談ですが、この説を利用して、主人公の少年が幼い時に見た不思議な「鳥」がタイムトンネルをくぐってきたティラノサウルス（幼体）だったという短編を書いたことがあります。（蛇足）