＞プロローグってなんだと思い調べてみたところ「物語の概要」や「舞台の説明」と知りました。

それは、その人はそう解釈しているだけです。プロローグに明確な定義なんてないですよ。

スレ主様の考えていらっしゃる導入部には仕掛けがあるようなので、その仕掛けを具体的にどう機能させるかを考える方が有益かと思います。

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ご質問の趣旨からは外れてしまうかもしれませんが、少し興味を持ちました。

＞本来迎えるべきだったシナリオを制作者の都合で変えられてしまった

＞主人公自身の手で本来の物語を書く

この「制作者」と「主人公」は別の人物ですか？
つまり、「制作者」にストーリーを捻じ曲げられてしまったその作品内のキャラクターが、自分で筋書きを元にもどそうとするという、メタっぽい構想なのでしょうか？

わりと面白いんじゃないかと思いました。

で、イントロをどうするかということですが、

＞しかし、この後の本編では小説とは全く関係のないストーリーが進みます。

これが気にならないでもありません。

書き方の工夫次第だとは思いますが、冒頭から本編に入って急に話が変わると読者は戸惑ってしまう可能性があります

＞そして後半になってようやく「本編に登場するキャラクターは本来迎えるべきだったシナリオを制作者の都合で変えられてしまった」といった事実が明らかになります。

とのこと。
ヘタをすると、読者は後半まで物語の方向性が把握できないまま読み進めることになってしまうかもしれません。（繰り返しますが、読者の興味を上手く繋ぎとめる工夫を考えていらっしゃるならよいのですが）

そういうことを気にする方が、「プロローグ」なんて空疎な言葉にとらわれるより大切なんじゃないかな、という気が。

でも構想は面白そうなので、応援したいと思います。