こんばんは、のんです。
魔法と深い関わりのあるファンタジーというジャンルはそもそもＳＦの派生ですので、近未来と魔法の相性が最悪ということは無いと思います。

それより、科学で魔法の存在が証明されている＝科学によって魔法の原理が解明されている。となるとそっちの方が問題ですね。
魔法が科学に含まれてしまい、差別化が出来なくなります。
似通った設定の『魔法科高校の劣等生』でも、魔法が科学によって解き明かされたりはしてなかったと思いますので、関わらせない方が良いでしょう。
吸血鬼や妖怪と共存しているようなノリで魔法使いを考えてみるといいかもしれませんね。