とりあえず過去の軍隊や過去あった戦術なんかを現代まで含めてまぜっこぜにして乱戦させたい、というのが一番やりたいことだと読み取れたのだけど、あってるかな。
でもそれをどう区分してどう実現させるのかに手間取ってる、というところが悩みだと受け取って回答してみると、

たぶんこれはスレ主さんはまったく考えてないことだろうから、あくまで例えであって設定の提案ではないのだけど、
いっそスケールを小さくしてしまえば、あくまで設定部分においては簡単に成立するかなと思う。
例えば「学校」ないし「部活」という形を取ると、「チャリオット部」とあればそこの部員が現代戦にチャリオットで参戦することに読者は誰も疑問に思わない。
「そういう設定・世界観なんだから」になるため。
でも作者的には、おそらく、そういう「ごっこ」じゃなくてちゃんと戦わせたい、戦争をさせたいという思いがあると感じられるから、
ガルパンみたいな部活の話ではなく、「そういう世界観の学校・部活の生徒達が、世界を二分する戦争に巻き込まれる」という形を取ればいいかなと。
もちろん、これもスレ主さんのイメージとは違うから「そうじゃねえ」だと思うけど、いま言ってるのは物語のスケールに比例して設定も大きく風呂敷を広げる必要はないよ、ということね。
この学校・部活の例の場合、区分は簡単で「ファランクス研究会」とか「ローマ帝政学園」とか、自分が書きたい枠組みで区分けしてしまえばいいだけの話になる。

まあ、こういう学園・部活ノリだと見た目はポップな感じになるだろうからラノベ層にはウケそうだけど、やっぱりスレ主さんの書かれた内容からはズレてると思うので、少しポップさをなくすと学校を会社とかにしても同じような感じに出来るんじゃないかな。

個人的には、学園ノリで「戦争」はリアルなものじゃなくて場所を限定したルールありきの設定にして、その中で戦争とは関係ない小競り合いなどもありつつ、世界規模なスケールの黒幕の目的なんかがありつつな、
あー、「とある魔術の禁書目録」の魔術や超能力を兵器や戦争に置き換えた感じをイメージしたかな。そこに「境界線上のホライゾン」を足して割ったような感じ。

というのも。
「やりたいこと」や「前提にある設定」が突飛なものである場合、そこにリアリティを求めるよりも、「もっとぶっ飛んだ設定」を用意したほうが全体が馴染むためです。
例えば、いっそ「あの世」という設定にしてしまうとかね。
古今の戦士が行くとされるヴァルハラで戦争を続ける人たちの話、だけどその設定については一切語らず裏設定にしてさも近未来が舞台にように書く、とか。
「ナルニア国物語」とか「ひょっこりひょうたん島」とか、結構そういうのある。
なので、整合性を求めるような矛盾の無い自然な設定を考えるよりも、もっとぶっ飛んだものを用意したほうがまとまるんじゃないかなと思った。
その例として「死後の世界」とか「学校・部活にする」とかって感じです。