こんにちは、カイトです。

貴作を読んだことがないため（設定等はもちろん目を通しましたが）、質問を額面通りに受け取った答えではありますが……

1
「タイムリープから抜け出す」ことが主題だと思うので、「タイムリープに気がつく」部分はサラッとでいいのではないかと思います。
聖地のふもとにまでたどり着き、明日峠を消えたらいよいよ終点ね、と話していた三日後、銀鈴と香々の二人が『君の名は』みたいに、
「ねぇ、もしかしてこれって」
「わたしたち」
「「同じ日を繰り返してる⁈」」
みたいな。
個人的に好きなのは、エンデの『はてしない物語』のように、本当に同じことが何度も書いてあって、混乱しながらも読むうち読者とキャラクターが同時に謎を解決する、というパターンです。
ただ、ウェブでの連載の場合はちょっとやりづらいですかね。次のページに行くよりブラウザバックされちゃいそう。

2
悪妃の時計が鍵になっているようなので、その時計を壊す、というのが一番わかりやすいし、思いつきやすい方法でしょうか。
「この時計のせいで！」と怒りにまかせてメチャクチャに壊し、タイムリープ終了。聖地について何も知らない皇帝がお祓いのため箱を開けると、中には見るも無惨な時計が。目を逸らす銀鈴と香々。
みたいな。

3
2のパターンを思いついてしまったため、銀鈴と香々だけが気づいて解決のため奔走し、何も知らない皇帝が呑気なこと（「もっとゆっくり旅行したかったなぁ」とか「さすが聖地、なんだか予定以上の時を過ごした気がするなぁ」とか）を言って思わず睨まれる、というシーンが浮かびました。

以上です。合わなければ、もちろんスルーしてくださいね。
創作活動応援しています。