それを言ってしまうと、たとえばとある魔術の禁書目録なら「超能力の研究をしている学園都市って何だ」ってなるし、灼眼のシャナなら「フレイムヘイズなんていうものは存在しない」ってことになりますよね。
そういう設定として受け入れてしまえば何の問題もないと思います。
ちなみに私の作品には「東京都西部に建設された１０ｋｍ四方の地下都市」なんていうものが出てきますが、そういうものとして受け入れています。