人権が何を意味するのかちょっとよくわからないかも。普通に憲法に書いてある人権のことだと考えて回答するけども、
まず書かれてる異世界が中世をモデルにしているとすると、そもそも人権なんてものは概念すらないと思うので誰も持ってないかと。
人権があるような法が整備されある程度の道徳がある世界観を前提として、それこそ現代日本や先進国のような人権が尊重されて当たり前の世界観において「人権が失われたキャラクターが出てくる」とした場合、それはむしろ強いインパクトを作れるので良いのではないでしょうか。

何を気にされてるのだろう。倫理観かな？
だとすると、基本的にどんな事でも出すこと自体は何も問題ないです。問題になるとしたら、出したうえでそれをどう扱うかっていう展開や演出や描写の問題かな。
例えば、10代向けのライトノベルであってもエロエロなお姉さんサキュバスを出すことは何も問題ない。エッチなお色気担当として問題ないでしょ？　でも、それで濃厚な行為をねっとり描写したらアウトでしょ？　出すこと自体は問題ない。それで何をするのか、それを作品内でどう扱うのか、それが問題になる。
だから、あえてアウトになるかなと思える「人権を失うキャラクター」を考えるとすると、人権を剥奪されたことで教会や慈善団体などそれまで善と思われてた所から非人道的な扱いをうけはじめ、保護されたと思ったら内臓を取られて身体を玩具にされ四肢を切断された、という内容を10代向けに濃い描写で描いたら、これはアウトかな。
年齢層に合わないからというのが理由で倫理観でアウト判定したわけじゃないけども。あるいは作風によっては作品に合わないという理由でアウトかな。

ということは、「人権を失うキャラクター」を出すこと自体は何も問題ない。
問題になるとすれば出したあとの事なので、どういう話を書いててどういう意図でどういう扱いをするのか、というのがわからないと第三者には判断できないかな。