藤原氏と外国王族婚姻はパラレルワールドものとしてはさほど突飛な設定でもないので、普通に成立すると思います。貴族社会、または閨閥がらみの物語が好きな読者は一定数いると思うので、需要はあるんじゃないかと。
藤原氏天皇簒奪は、書けないことはないでしょうがややセンシティブな題材ではありますね。外国王族婚姻よりも若干衝撃度は高めなので、良くも悪くも響くとは思います。しかし現存するロイヤルファミリーにかかわるネタですから注意は必要かもしれません。
なお、もう一つの質問とも関連しますが、藤原氏は皇室の親戚とは言ってもあくまで外戚ですし、多くの一般読者にとっては歴史上の一族の一つというほどの認識なのではないでしょうか？　その点、皇室よりは自由にいじりやすいかもしれません。