>キャラクターは『何がしたいか』を明確にしよう。

それは漫画で言えばいわゆるストーリー漫画の理論です。ストーリーはキャラの行動で表現するものなので、何がしたいか明確な方が読者がついてきやすいよという話。

ボボボーボ・ボーボボは不条理系のギャグ漫画。あの手の作品はむしろ「キャラが何をしたいのかサッパリわからない」という方向に全力で振り切るのがウリなので、そもそも面白さのポイントが根本的に違うんです。
そういう意味で言うなら、

>『何がしたいか』が意味不明であっても魅力的なキャラは描けるし面白い作品も創れるってことなんですか？

はい。創れるってことになりますね。
ただし、自分（作者）が何をやりたいのかを間違えると失敗します。