一人称といえど、地の文が視点主の心の声だけで構成されてるというわけではないので、使い分けかなあ。
とはいえ心の声だけで書くってコンセプトも間違いではないから、確かに常に敬語だと鬱陶しいけど、だからこそ心の声だけっていう印象が強くなって没入感がある作品もあると思う。
たぶん作品コンセプトにもよるし、作風や作品の雰囲気にもよるし、やってみなきゃわからない類の悩みだと思うから、短編規模ならいっそ冒険してみるつもりで悩むより書いたほうがいいと思う。
短編は個性が見えたほうがいいから、半端にやるよりがっつり敬語に振ってみたらいいんじゃないかな。

試すなら敬語に振るのをお薦めしてみるけど、一応、個人的には使い分ける派で鬱陶しい一人称は読むのも苦手なタイプっス。
使い分けは、例えば外国人の外国人っぽさを表現するために地の文の一部を外国語にするなど工夫があると思う。そういう工夫の話だから、ルール的なものはないし自分で試行錯誤するしかない。つまりどちらにせよ書くしかない。
例えば、「奥様」とか「旦那様」とかが主語になる文章は敬語で書く、他は敬語にしないとか、そういうのを自分で決めて自分ルールでやる。
なのでそこを決めかねているのなら、いっそ敬語に全振りしたほうが経験になるのでは。っていう助言です。